Η ρήξη ήρθε το 1915, όταν και ο Μεταξάς εκμεταλλευόμενος το αξίωμά του αναμείχθηκε σε πολιτικά ζητήματα. Με την παραίτησή του κατάφερε να μεταπείσει τον Βασιλιά ως προς την είσοδο της χώρας στον πόλεμο, στο πλευρό των συμμάχων. Έτσι, ουσιαστικά δημιουργήθηκε ο Εθνικός διχασμός που ταλαιπώρησε για χρόνια την Ελλάδα. Την κίνηση αυτή ο Βενιζέλος δεν του τη συγχώρεσε ποτέ με αποτέλεσμα, όταν ανήλθε στην εξουσία ως πρωθυπουργός το 1917, να τον εξορίσει στην Κορσική. Με δικές του μάλιστα ενέργειες τον καταδίκασε σε θάνατο.
Στις 11 Οκτωβρίου του 1934 ο Βενιζέλος, από τα Χανιά όπου κατοικούσε, αποφάσισε να εγκαινιάσει μια σειρά άρθρων στην εφημερίδα «Ελεύθερον Βήμα» σχετικά με τα γεγονότα του Εθνικού Διχασμού. Ύστερα από μερικές μέρες ο Μεταξάς απάντησε στις μυθοπλασίες, κατά τον ίδιο, του Βενιζέλου εγκαινιάζοντας δικιά του σειρά άρθρων στην εφημερίδα «Καθημερινή». Η αρθρογραφία των δύο αντρών τελείωσε στις 23 Ιανουαρίου του 1935, με το τελευταίο άρθρο του Μεταξά. Συνολικά ο Βενιζέλος δημοσίευσε 37 άρθρα, ενώ ο Μεταξάς 70. Μέσα από την αρθρογραφία φαίνεται το μίσος που έτρεφε ο ένας για τον άλλο. Σύμφωνα με τους σύγχρονους ιστορικούς οι ισχυρισμοί του Μεταξά κρίνονται περισσότερο αξιόπιστοι.[12] Χαρακτηριστικό είναι ότι ο Μεταξάς αναφέρει ένα έγγραφο της Γερμανικής κυβέρνησης, με το οποίο η γερμανική κυβέρνηση έδινε εγγυήσεις στον Βασιλιά σε περίπτωση παραμονής της χώρας στην ουδετερότητα. Ο Βενιζέλος το αρνήθηκε αλλά οι σύγχρονες μελέτες στα γερμανικά αρχεία απέδειξαν ότι πράγματι το έγγραφο υπήρξε.
Οικογένεια
Ο Ιωάννης Μεταξάς ήταν παντρεμένος από το 1909 με τη Λέλα Χατζηϊωάννου, με την οποία απέκτησε δύο παιδιά:- τη Λουκία Μεταξά, σύζυγο του Γεώργιου Μαντζούφα
- την Ιωάννα Μεταξά, σύζυγο του καθηγητή ιατρικής και πρύτανη Ευγένιου Φωκά