Στις αρχές του πολέμου περιορίστηκε στην προστασία των θαλάσσιων μεταφορών στο Αιγαίο πέλαγος, τόσο για την ολοκλήρωση της επιστράτευσης της χώρας, όσο και για τον ανεφοδιασμό της. Τα ελληνικά σκάφη αντιμετώπιζαν συνεχώς τον κίνδυνο επιθέσεων από ιταλικά αεροσκάφη και υποβρύχια, που επιχειρούσαν έχοντας ως βάση τα Δωδεκάνησα.
Ακολούθησαν περιορισμένες επιθετικές ενέργειες ενάντια σε ιταλικά σκάφη στα Στενά του Οτράντο. Τα αντιτορπιλικά προέβησαν σε τρεις θαρραλέες, αλλά άκαρπες νυχτερινές επιδρομές (14-15 Νοεμβρίου 1940, 15-16 Δεκεμβρίου 1940 και 4-5 Ιανουαρίου 1941). Οι ελληνικές επιτυχίες ήρθαν από τα υποβρύχια, τα οποία κατόρθωσαν να βυθίσουν μερικά ιταλικά μεταγωγικά. Από την ιταλική πλευρά, παρότι ο ιταλικός στόλος υπέστη σημαντικές ζημιές από το Βρετανικό Πολεμικό Ναυτικό κατά την Επιδρομή στον Τάραντα, τα ιταλικά αντιτορπιλικά και καταδρομικά συνέχισαν να επιχειρούν, καλύπτοντας τις νηοπομπές εφοδιασμού μεταξύ Ιταλίας και Αλβανίας. Τέλος, στις 28 Νοεμβρίου, μια ναυτική μοίρα βομβάρδισε την Κέρκυρα, ενώ στις 18 Δεκεμβρίου και στις 4 Μαρτίου, έβαλαν κατά ελληνικών παράλιων θέσεων στην Αλβανία. Αξίζει επίσης να σημειωθεί και η επιτυχία στα τέλη του 1940 του ελληνικού υποβρυχίου «Παπανικολής» με κυβερνήτη τον τότε πλωτάρχη Μιλτιάδη Ιατρίδη, το οποίο βύθισε ανοιχτά του Αυλώνα δύο έμφορτα ιταλικά μεταγωγικά[41]. Στην ίδια περιοχή στις 29 Δεκεμβρίου 1940 βυθίστηκε αύτανδρο το υποβρύχιο Πρωτεύς με κυβερνήτη τον Μιχαήλ Χατζηκωνσταντή. Σημαντική δράση, επίσης, είχαν και τα άλλα υποβρύχια του στόλου (Κατσώνης, Νηρεύς, Τρίτων).
Από τον Ιανουάριο του 1941, το κύριο μέλημα του ελληνικού ναυτικού ήταν η κάλυψη των νηοπομπών από και προς την Αλεξάνδρεια, σε συνεργασία με το βρετανικό ναυτικό. Καθώς στις αρχές Μαρτίου ξεκίνησε η μεταφορά του Βρετανικού Εκστρατευτικού Σώματος, ο ιταλικός στόλος αποφάσισε να επιτεθεί εναντίον του. Καλά πληροφορημένοι όμως οι Βρετανοί, κατόρθωσαν να αμυνθούν με επιτυχία ενάντια στους Ιταλούς στη Ναυμαχία του Ακρωτηρίου Ταίναρου στις 28 Μαρτίου.
Με την έναρξη της γερμανικής επίθεσης, στις 6 Απριλίου, η κατάσταση άλλαξε άρδην. Η γερμανική υπεροπλία από αέρος προξένησε μεγάλες απώλειες σε ελληνικά και βρετανικά πλοία, ενώ η κατάληψη της κυρίως Ελλάδας και αργότερα της Κρήτης από την Βέρμαχτ σήμανε το τέλος των συμμαχικών ναυτικών επιχειρήσεων στον ελληνικό χώρο μέχρι την Εκστρατεία των Δωδεκανήσων το 1943.