Ο πόλεμος της Σάμου ήταν ένα από τα τελευταία στρατιωτικά γεγονότα στα οποία ήταν αναμειγμένη η Αθήνα πριν από την έναρξη του Πελοποννησιακού Πολέμου. Μετά τον εξοστρακισμό του Θουκυδίδη, ο Περικλής έγινε Στρατηγός και πάλι, που ήταν και η μοναδική επίσημη πολιτική θέση που κατείχε, Η επιρροή του στα πράγματα της Αθήνας και της Αθηναϊκής Ηγεμονίας, ήταν όμως τόσο μεγάλη που πρακτικά ήταν ο απόλυτος και αδιαμφισβήτητος ηγέτης των Αθηνών. Το 440 π.Χ. είχε ξεσπάσει πόλεμος μεταξύ της Σάμου και της Μίλητου, για τον έλεγχο της Πριήνης, μίας αρχαίας πόλης κοντά στην Μυκάλη. Οι Μιλήσιοι ζήτησαν την βοήθεια των Αθηνών να σταματήσουν τον πόλεμο. Όταν οι Σάμιοι αρνήθηκαν να σταματήσουν τον πόλεμο, παρά την απαίτηση των Αθηναίων για κάτι τέτοιο[42], ο Περικλής πέρασε[43] ένα ψήφισμα εναντίον των Σαμίων,σύμφωνα με το οποίο παρά τη διαταγή προς τους Σάμιους να σταματήσουν τις πολεμικές συγκρούσεις με τους Μιλήσιους, εκείνοι δεν πειθάρχησαν, δίνοντας στην Αθήνα το δικαίωμα να επιβάλει την τάξη.ε[›] Σε ναυμαχία εναντίον των Σαμίων, οι Αθηναίοι με ηγέτη τον Περικλή και εννέα ακόμα στρατηγούς, συμπεριλαμβανομένου και του Σοφοκλή, κέρδισαν τη μάχη και επέβαλαν μία φιλοαθηναϊκή κυβέρνηση στη Σάμο. Όταν οι Σάμιοι επαναστάτησαν, ο Περικλής υποχρέωσε τους ηγέτες της Σάμου να παραδοθούν μετά από οκτάμηνη σκληρή πολιορκία, η οποία προκάλεσε αγανάκτηση στους Αθηναίους ναύτες[44]. Κατόπιν, ο Περικλής κατέπνιξε άλλη μία εξέγερση στο Βυζάντιο, και επέστρεψε στην Αθήνα, όπου απέδωσε τιμές στους πεσόντες Αθηναίους που πολέμησαν στην Σάμο και στο Βυζάντιο[45].
Μεταξύ του 438 και 436 π.Χ. ο Περικλής οδήγησε τον αθηναϊκό στόλο στις όχθες του Πόντου, όπου δημιούργησε δεσμούς φιλίας με τις ελληνικές παραθαλάσσιες πόλεις της περιοχής[46]. Ο Περικλής ασχολήθηκε επίσης με την εσωτερική ενδυνάμωση των Αθηνών, με την κατασκευή του «Μεσαίου Τείχους» το 440 π.Χ. και με τη δημιουργία νέων κληρουχιών στην Άνδρο, στη Νάξο και στους Θούριους της Κάτω Ιταλίας το 444 π.Χ., που χτιζόταν με πρωτοβουλία του Περικλή στη θέση της ξακουστής Σύβαρης, η οποία είχε καταστραφεί το 510 π.Χ. στον πόλεμο με τον Κρότωνα. Σημαντική κληρουχία δημιουργήθηκε επίσης στην Αμφίπολη της Μακεδονίας, μεταξύ 437 π.Χ. και 436 π.Χ
Αντίπαλοι
Ο Περικλής και οι φίλοι του στη δημοκρατική Αθήνα της Κλασσικής Εποχής δεν ήταν καθόλου άτρωτοι σε πολιτικές ή και προσωπικές επιθέσεις, επειδή ο ρόλος του Περικλή στη διακυβέρνηση της Αρχαίας Αθήνας δε σήμαινε απαραίτητα ότι ο ίδιος και οι ομοϊδεάτες του είχαν την απόλυτη κυριαρχία, καθώς το αξίωμα του Περικλή δεν του έδινε τέτοιο δικαίωμα[48]. Λίγο πριν την έναρξη του Πελοποννησιακού Πολέμου, ο Περικλής, η σύντροφός του Ασπασία, και ο φίλος του, διάσημος γλύπτης Φειδίας, δέχθηκαν μία σειρά δικαστικών επιθέσεων σε βάρος τους.
Ο Φειδίας, ο οποίος ήταν υπεύθυνος για την ανοικοδόμηση όλων των κτιριακών συγκροτημάτων που του είχε αναθέσει ο Περικλής, κατηγορήθηκε πρώτα ότι έκλεψε ένα συγκεκριμένο ποσό χρυσού, ώστε να προσθέσει τη δική του μορφή, ως ενός φαλακρού άντρα, στην ασπίδα της θεάς Αθηνάς στο χρυσελεφάντινο άγαλμά της, φιλοτεχνώντας μια σκηνή που απεικόνιζε τον εαυτό του, μαζί με μία άλλη μορφή που έμοιαζε υπερβολικά στον Περικλή, να πολεμούν εναντίον των μυθικών Αμαζόνων[49]. Ένας ψευδομάρτυρας, ονόματι Μένωνας, κατέθεσε επίσης εναντίον του Περικλή. Η Ασπασία, που ήταν γνωστή για τις συμβουλευτικές της ικανότητες και ως εξαιρετική συνομιλητής, κατηγορήθηκε ότι διέφθειρε τις γυναίκες των Αθηνών για να ικανοποιήσει τον Περικλή[50]. Ήταν επίσης γνωστή εταίρα, αλλά οι ιστορικοί διαφωνούν για το εάν είχε στην κατοχή της οίκο ανοχής[51][52], καθώς πολλοί σύγχρονοι μελετητές απορρίπτουν κάτι τέτοιο[53][54]. Οι κατηγορίες εναντίον της ήταν μάλλον συκοφαντίες και φημολογίες της Αθήνας εκείνης της εποχής. Η Ασπασία αθωώθηκε μετά από μία σπάνια συναισθηματική έκρηξη του Περικλή, που υπήρξε οδυνηρή εμπειρία για τον ίδιο προσωπικά. Παρόλα αυτά, ο φίλος του Περικλή, γλύπτης Φειδίας, πέθανε στη φυλακή και ο έτερος φίλος του, φιλόσοφος Αναξαγόρας, δέχθηκε επίθεση από την Εκκλησία του Δήμου για τις θρησκευτικές του πεποιθήσεις[49]. Μετά από αυτές τις αρχικές επιθέσεις, η Εκκλησία επιτέθηκε στον ίδιο τον Περικλή, για κατασπατάληση του δημοσίου χρήματος και για κατάχρηση εξουσίας. Πολλοί πιστεύουν ότι ο Περικλής εσκεμμένα δεν απέφυγε τον πόλεμο, επειδή η πολιτική του θέση είχε αρχίσει να κλονίζεται πολύ σοβαρά. Κατά ειρωνεία της τύχης, ο Πελοποννησιακός Πόλεμος άρχιζε τη στιγμή που η θέση του Περικλή είχε αρχίσει να κλονίζεται. Ο Μπέλοχ υποστηρίζει πως ο Περικλής υποστήριξε την επιλογή του πολέμου ώστε να αποφύγει τον αυξανόμενο εσωτερικό ανταγωνισμό[55], εντός των Αθηνών, για πρώτη φορά μετά τη θριαμβευτική πολιτική νίκη του επί του συντηρητικού πολιτικού ηγέτη Θουκυδίδη, πριν από μία δεκαετία.