Πέραν των πιεστικότατων οικονομικών, κοινωνικών και διπλωματικών
προβλημάτων, ο Καποδίστριας είχε να αντιμετωπίσει δύο σημαντικά εμπόδια
στην πολιτική του για την οικοδόμηση του νεοπαγούς ελλαδικού κράτους:
πρώτον την εχθρότητα Γαλλίας και Αγγλίας, τα γεωστρατηγικά συμφέροντα
των οποίων στην Ανατολική Μεσόγειο κινδύνευαν από την προοπτική
δημιουργίας ενός νέου και δυναμικού ναυτικού και εμπορικού κράτους έξω
από τον έλεγχό τους, ή χειρότερα, υπό την επιρροή της Ρωσίαςˑ δεύτερον,
τους φατριασμούς και τα τοπικιστικά, οικονομικά και πολιτικά συμφέροντα
των κοτζαμπάσηδων, Φαναριωτών και πλοιοκτητών, οι οποίοι και επεδίωκαν
διατήρηση των προνομίων και συμμετοχή στη νομή της εξουσίας. Εν τέλει ο
συνδυασμός των παραπάνω παραγόντων προετοίμασε το έδαφος και οδήγησε
στην πολιτική και φυσική εξόντωση του πρώτου Κυβερνήτη της Ελλάδας στις 9
Οκτωβρίου 1831 (27 Σεπτεμβρίου 1831 με το Ιουλιανό ημερολόγιο).
Προκειμένου να διαχειρισθεί αποτελεσματικά την τραγική οικονομική και κοινωνική κατάσταση του νέου κράτους, ο Καποδίστριας προέκρινε ένα συγκεντρωτικό μοντέλο εξουσίας, ώστε να διατηρήσει άμεσα τον πολιτικό έλεγχο. Την αντιπολίτευση κατά του Καποδίστρια απάρτιζαν οι παραμερισμένοι από την εξουσία κοτζαμπάσηδες και πλοιοκτήτες. Ο συγκεντρωτισμός που επέδειξε ο Καποδίστριας παραμερίζοντας τις τοπικές αρχές και διορίζοντας σε θέσεις κλειδιά τα δύο αδέρφια του, Αυγουστίνο και Βιάρο Καποδίστρια, τον οδήγησαν σε σύγκρουση με τις προαναφερθείσες ομάδες συμφερόντων.
Το κέντρο του αντικαποδιστριακού αγώνα έγινε η Ύδρα, έδρα των πλοιοκτητών και πιο συγκεκριμένα της οικογένειας Κουντουριώτη που είχε με το μέρος της τους αγωνιστές Μιαούλη, Σαχτούρη, Τομπάζη, Κριεζήδες. Βασικός λόγος για την αντίδραση των Υδραίων πλοικτητών ήταν η απαίτηση τους για την «άνευ αναβολής» καταβολή αποζημιώσεων για τις μεγάλες ζημιές και απώλειες των πλοίων τους κατά τη διάρκεια της Επανάστασης. Αναγνώριζοντας αμέσως το δίκαιο αίτημα, ο Κάποδίστριας υποσχέθηκε ότι μόλις θα βελτιώνονταν τα οικονομικά της χώρας, η Ύδρα θα έπαιρνε «το μερίδιόν της καθ’ όσον το δίκαιον απαιτούσε». Οι Υδραίοι, όμως, απαιτούσαν την καταβολή αυτών των αποζημιώσεων άμεσα, πράγμα που ήταν αδύνατον λόγω της οικτρής οικονομικής κατάστασης του κράτους. Στην Ύδρα, επιπλέον, κατέφυγαν ο ηγέτης του Αγγλικού κόμματος Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος και οι Σπυρίδων Τρικούπης, Αναστάσιος Πολυζωίδης και Αλέξανδρος Σούτσος, έχοντας την ηθική συμπαράσταση του φιλογάλλου Κοραή. Όργανο της αντιπολιτευτικής αυτής ομάδας ήταν η εφημερίδα Απόλλων του Πολυζωίδη. Η Γαλλία και η Αγγλία, θεωρώντας τον Καποδίστρια ως φίλα προσκείμενο στη Ρωσία, ενθάρρυναν τους αντιπολιτευόμενους.
Την 14η Ιουλίου 1831, οι Μιαούλης και Κριεζής με 200 Υδραίους στρατιώτες κατέλαβαν τον ναύσταθμο στον Πόρο επειδή έμαθαν ότι ο στόλος ήταν έτοιμος να κινηθεί κατά της Ύδρας.Αμέσως έσπευσαν οι αντιπρέσβεις των τριών μεγάλων δυνάμεων προκειμένου να διαπραγματευθούν. Οι Άγγλοι και οι Γάλλοι αιφνιδιάζοντας τους εξεγερμένους τάχθηκαν υπέρ της νόμιμης κυβέρνησης και απαίτησαν την παράδοση των επαναστατών. Έτσι, ο αγγλικός, ο γαλλικός και ο ρωσικός στόλος είχαν αποκλείσει τα λιμάνια του Πόρου και της Ύδρας ώστε να μην επιτραπεί η ένωση των στόλων των επαναστατών. Ο ελλιμενισμένος εθνικός στόλος στον Πόρο ήταν υπό την αρχηγία πλέον του Μιαούλη ενώ μια μικρή μοίρα, υπό την αρχηγία του Κανάρη, δεν δεχόταν να υπακούσει στους επαναστάτες. Και ενώ ο Άγγλος και ο Γάλλος ναύαρχος, κωλυσιεργώντας, έπλευσαν προς το Ναύπλιο για να συσκεφθούν με τους αντιπρέσβεις,ο Ρώσος ναύαρχος Ρίκορντ ανέλαβε να εφαρμόσει, μόνος αυτός, τις οδηγίες του Καποδίστρια. Απέκλεισε τους αντάρτες, ήρθε σε προστριβές μαζί τους, τίναξε στον αέρα τη «Νήσο των Σπετσών», αιχμαλώτισε ένα ακόμη πλοίοκαι τελικά εξώθησε τον Μιαούλη στο «Μεγαλουργόν έγκλημα». Το πρωί της 1ης Αυγούστου 1831 ο Μιαούλης, όπως είχε προειδοποιήσει τον Ρίκορντ, ανατίναξε δύο από τα πιο σύγχρονα τότε πλοία του ελληνικού ναυτικού, την φρεγάτα «Ελλάς» και την κορβέτα «Ύδρα». Ο Δ. Χοϊδάς, σε επιστολή του προς τον Αυγουστίνο Καποδίστρια, από την Τρίπολη, στις 10 Αυγούστου 1831, ανάμεσα σε πολλές άλλες σημαντικές πληροφορίες για την τραγική κατάσταση που επικρατούσε σε όλη τη χώρα, έγραφε πως οι Υδραίοι έλεγαν ότι «την φρεγάδαν (Ελλάς) την έκαυσαν δι ‘ αδείας του πρέσβεως της Αγγλίας, όστις τους υπεσχέθη ότι τους δίδει άλλην» και η αστυνομία του Ναυπλίου είχε πληροφορίες «ότι οι δύο πρέσβεις (Αγγλίας και Γαλλίας) έλαβαν μέρος με τους Υδραίους και ότι έγραψαν εις τον Ρίκορδ να παύσει από τας κατ’ αυτών εχθροπραξίας του έως ότου να έλθει ο παρά των τριών δυνάμεων απεστελλόμενος πληρεξούσιος, όστις είναι ο ναύαρχος Άγγλος, της μοίρας του Αιγαίου πελάγους…». Και πρόσθετε ότι στην ‘Υδρα είχαν καταφθάσει «δύο πλοία γαλλικόν και αγγλικόν… και οι δύο ναύαρχοι (ο Άγγλος και ο Γάλλος) με τρόπον προσφέρουσι βοηθήματα εις την Ύδραν και τους λέγουσι να επιμένουν εις τον σκοπόν των και να μη φοβώνται διόλου, διότι επιτυγχάνουσι το ποθούμενον…».
Ο ίδιος ο Καποδίστριας είχε γνώση για τους σχεδιασμούς των συγκεκριμένων ξένων δυνάμεων εναντίον του. Στις 31 Ιουλίου 1831, σε επιστολή του προς τον Γάλλο ναύαρχο Lalande, που υπηρετούσε στην Ελλάδα, του αποκάλυψε ότι γνώριζε όλες τις δολοπλοκίες των Άγγλων και των Γάλλων, με τρόπο που καταπλήσσει: «Εγώ δε, και τις δολοπλοκίες όλων σας τις εγνώριζα, αλλά έκρινα ότι δεν έπρεπε με κανένα τρόπο να κόψω το νήμα της συνεργασίας μαζί σας, γιατί έδινα προτεραιότητα στην ανόρθωση και στην ανασυγκρότηση της Ελλάδος. Αν έκοβα τις σχέσεις με τις λεγόμενες «προστάτιδες» Δυνάμεις, τούτο θα ήταν εις βάρος της Ελλάδος και δεν ήθελα με κανένα τρόπο να προσθέσω βάρος και στη συνείδησή μου. Και άφησα τα πράγματα να λαλήσουν μόνα τους...» Στις 14 Σεπτεμβρίου 1831, έστειλε στον Έλληνα πρέσβυ στο Παρίσι πρίγκηπα Α. Σούτσο επιστολή με την οποία, με εθνική αγανάκτηση, διαμαρτύρεται και του ζητά να προβεί σε σχετικά διαβήματα στη γαλλική κυβέρνηση, για την πρωτοφανή και ανεπίτρεπτη ανάμιξη των Γάλλων και των Άγγλων αξιωματικών στις φοβερές αντικυβερνητικές ενέργειες της Ύδρας και της Μάνης και για την απροκάλυπτη σύμπραξη και τη βοήθειά τους προς τους ταραχοποιούς.
Ήδη, από το το προηγούμενο έτος 1830 είχε ξεσπάσει ανταρσία στη Μάνη υπό την ηγεσία του Τζανή Μαυρομιχάλη, αδελφού του Πετρόμπεη. Ο τελευταίος ετέθη σε περιορισμό στο Ναύπλιο, ζήτησε να πάει στη Μάνη για να την ησυχάσει, το αίτημά του δεν έγινε δεκτό, αποπειράθηκε να διαφύγει με αγγλικό πλοίο, συνελήφθη και φυλακίστηκε. Βαρέως φέροντες τη μεταχείριση αυτή του αρχηγού της οικογενείας τους, και μέσα στο τεταμένο και από τα γεγονότα του Πόρου κλίμα, οι Κωνσταντίνος και Γεώργιος Μαυρομιχάλης, αδερφός και γιος του Πετρόμπεη αντίστοιχα, εφάρμοσαν το μανιάτικο έθιμο της βεντέτας. Το πρωί της 27ης Σεπτεμβρίου 1831 με το Ιουλιανό ημερολόγιο (δηλαδή στις 9 Οκτωβρίου 1831), έξω από την εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνος πυροβόλησαν και μαχαίρωσαν θανάσιμα τον κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια, καθώς πήγαινε να παρακολουθήσει την κυριακάτικη θεία λειτουργία. Τον Καποδίστρια συνόδευε ο Κρητικός μονόχειρας σωματοφύλακάς του Γεώργιος Κοζώνης, ο οποίος πυροβόλησε τον Κωνσταντίνο Μαυρομιχάλη. Τον τελευταίο τον αποτελείωσε ο όχλος, το δε πτώμα του πετάχθηκε στο λιμάνι. Ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης κατέφυγε στη γαλλική πρεσβεία, από όπου και παραδόθηκε στις αρχές για να δικαστεί ύστερα από την επιμονή του πλήθους που είχε συγκεντρωθεί και απειλούσε να κάψει την πρεσβεία. Τελικώς καταδικάστηκε σε θάνατο και τουφεκίστηκε λίγες μέρες αργότερα. Ο τραγικός θάνατος του Καποδίστρια βύθισε σε θλίψη τον γεωργικό πληθυσμό, ενώ αντίθετα στην Ύδρα δέχτηκαν την είδηση με πανηγυρισμούς.
Υποστηρίζεται ότι καταλυτικό ρόλο στην δολοφονία του διαδραμάτισαν οι ξένες δυνάμεις.Είναι δε χαρακτηριστικό, ότι παρά την παρέλευση τόσο μεγάλου χρονικού διαστήματος, ο φάκελος για τη δολοφονία του Καποδίστρια στα βρετανικά αρχεία παραμένει ακόμη απόρρητος. Στο σχεδιασμό της συνομωσίας φαίνεται πως πρωτοστάτησε ο Γάλλος στρατηγός Gerard, διοικητής τότε του τακτικού στρατού που επιχείρησε να οργανώσει ο ίδιος ο Καποδίστριας. Δύο ολόκληρους μήνες πριν από τη δολοφονία, οι αξιωματικοί του γαλλικού εκστρατευτικού σώματος στην Πελοπόννησο στις μεταξύ τους συζητήσεις δεν αμφέβαλλαν καθόλου, ότι πλησίαζε η ημέρα της δολοφονίας, ή απλώς της ανατροπής, του Κυβερνήτη.
Από τους δολοφόνους αδελφούς, ο Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης λίγο πριν πεθάνει από την πιστολιά του φρουρού του Καποδίστρια, ζητώντας έλεος είπε στους αστυνομικούς : ''Δεν φταίω εγώ στρατιώται, άλλοι με έβαλαν". Προς τη κατεύθυνση της εμπλοκής της Γαλλίας συναινεί και η μαρτυρία που μεταφέρει ο ιστορικός και αγωνιστής Νικόλαος Κασομούλης, ότι ο έτερος εκτελεστής του Κυβερνήτη Γεώργιος Μαυρομιχάλης κατέφυγε στο σπίτι του πρέσβυ της Γαλλίας βαρώνου Ρουάν, δηλώνοντάς του: "Σκοτώσαμε τον τύραννο. Μπιστευόμαστε την τιμή της Γαλλίας. Να τα άρματά μας".
Η απόφαση του Γάλλου πρέσβυ Ρουάν να παράσχει άσυλο στον Γεώργιο Μαυρομιχάλη και η αρχική άρνησή του να τον παραδώσει με προφάσεις (όπως την επίδειξη εντάλματος σύλληψης) απετέλεσε χαρακτηριστική και απροκάλυπτη παροχή πολιτικής προστασίας και κάλυψης του εγκλήματος. Πάντως, παρά την προσπάθεια κωλυσιεργίας, υπό την απειλή του εξεγερμένου λαού που είχε περικυκλώσει την πρεσβεία, ο Ρουάν αναγκάστηκε να παραδώσει τον Γεώργιο Μαυρομιχάλη στις αρχές. Οι αντιπρόσωποι της Γαλλίας συνέχισαν να παρέχουν υποστήριξη προς τους δολοφόνους του Κυβερνήτη, ακόμη και κατά τη διάρκεια της δίκης που ακολούθησε.Αξιοσημείωτη και αποκαλυπτική είναι, επίσης, και η στάση του πρέσβυ της Αγγλίας, ο οποίος αμέσως μετά την δολοφονία του Καποδίστρια, ζήτησε να ληφθούν αυστηρά μέτρα κατά του εξεγερμένου λαού, ακόμη και καταστολή με τη χρήση όπλων, απειλώντας την τριμελή προσωρινή Διοικητική επιτροπή (που απαρτιζόταν από τους Αυγουστίνο Καποδίστρια, Θεόδωρο Κολοκοτρώνη και Ιωάννη Κωλέττη), ακόμη και με αποχώρηση και διακοπή των διπλωματικών σχέσεων. Αρκετά αργότερα, το 1840 ο ίδιος ο Πετρόμπεης Μαυρομιχάλης, ακούγοντας κάποιον να κατηγορεί τον Καποδίστρια, φέρεται να είπε τούτα τα λόγια: «'Δεν μετράς καλά φιλόσοφε… Ανάθεμα στους Αγγλογάλλους που ήσαν η αιτία κι εγώ έχασα τους δικούς μου, και το Έθνος έναν άνθρωπο που δε θα τονε ματαβρεί, και το αίμα του με παιδεύει ως τώρα…’»' Για την δολοφονία του Καποδίστρια ο Ελβετός φιλέλληνας Ι.Γ. Εϋνάρδος είπε: «Όστις δολοφόνησε τον Καποδίστρια, δολοφόνησε την πατρίδα του. Ο θάνατός του είναι συμφορά για την Ελλάδα και δυστύχημα ευρωπαϊκόν.»
Μετά τη δολοφονία του Ιωάννη Καποδίστρια τη θέση του κυβερνήτη ανέλαβε για κάποιο διάστημα ο αδερφός του Αυγουστίνος Καποδίστριας, ως πρόεδρος της προαναφερθείσας Διοικητικής Επιτροπής που διόρισε η Γερουσία. Τη σορό του Καποδίστρια την μετέφερε ο αδερφός του στην Κέρκυρα, όπου και ενταφιάστηκε στη Μονή Πλατυτέρας. Ως κυβερνήτης ο Καποδίστριας αρνήθηκε να δεχθεί μισθό, όπως επίσης αρνήθηκε χρηματική αποζημίωση από τον Τσάρο για να μην κατηγορηθεί από τους αντιπάλους του για μεροληψία απέναντι στη Ρωσία, ενώ διέθεσε όλη του την περιουσία για τους σκοπούς του κράτους
Προκειμένου να διαχειρισθεί αποτελεσματικά την τραγική οικονομική και κοινωνική κατάσταση του νέου κράτους, ο Καποδίστριας προέκρινε ένα συγκεντρωτικό μοντέλο εξουσίας, ώστε να διατηρήσει άμεσα τον πολιτικό έλεγχο. Την αντιπολίτευση κατά του Καποδίστρια απάρτιζαν οι παραμερισμένοι από την εξουσία κοτζαμπάσηδες και πλοιοκτήτες. Ο συγκεντρωτισμός που επέδειξε ο Καποδίστριας παραμερίζοντας τις τοπικές αρχές και διορίζοντας σε θέσεις κλειδιά τα δύο αδέρφια του, Αυγουστίνο και Βιάρο Καποδίστρια, τον οδήγησαν σε σύγκρουση με τις προαναφερθείσες ομάδες συμφερόντων.
Το κέντρο του αντικαποδιστριακού αγώνα έγινε η Ύδρα, έδρα των πλοιοκτητών και πιο συγκεκριμένα της οικογένειας Κουντουριώτη που είχε με το μέρος της τους αγωνιστές Μιαούλη, Σαχτούρη, Τομπάζη, Κριεζήδες. Βασικός λόγος για την αντίδραση των Υδραίων πλοικτητών ήταν η απαίτηση τους για την «άνευ αναβολής» καταβολή αποζημιώσεων για τις μεγάλες ζημιές και απώλειες των πλοίων τους κατά τη διάρκεια της Επανάστασης. Αναγνώριζοντας αμέσως το δίκαιο αίτημα, ο Κάποδίστριας υποσχέθηκε ότι μόλις θα βελτιώνονταν τα οικονομικά της χώρας, η Ύδρα θα έπαιρνε «το μερίδιόν της καθ’ όσον το δίκαιον απαιτούσε». Οι Υδραίοι, όμως, απαιτούσαν την καταβολή αυτών των αποζημιώσεων άμεσα, πράγμα που ήταν αδύνατον λόγω της οικτρής οικονομικής κατάστασης του κράτους. Στην Ύδρα, επιπλέον, κατέφυγαν ο ηγέτης του Αγγλικού κόμματος Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος και οι Σπυρίδων Τρικούπης, Αναστάσιος Πολυζωίδης και Αλέξανδρος Σούτσος, έχοντας την ηθική συμπαράσταση του φιλογάλλου Κοραή. Όργανο της αντιπολιτευτικής αυτής ομάδας ήταν η εφημερίδα Απόλλων του Πολυζωίδη. Η Γαλλία και η Αγγλία, θεωρώντας τον Καποδίστρια ως φίλα προσκείμενο στη Ρωσία, ενθάρρυναν τους αντιπολιτευόμενους.
Την 14η Ιουλίου 1831, οι Μιαούλης και Κριεζής με 200 Υδραίους στρατιώτες κατέλαβαν τον ναύσταθμο στον Πόρο επειδή έμαθαν ότι ο στόλος ήταν έτοιμος να κινηθεί κατά της Ύδρας.Αμέσως έσπευσαν οι αντιπρέσβεις των τριών μεγάλων δυνάμεων προκειμένου να διαπραγματευθούν. Οι Άγγλοι και οι Γάλλοι αιφνιδιάζοντας τους εξεγερμένους τάχθηκαν υπέρ της νόμιμης κυβέρνησης και απαίτησαν την παράδοση των επαναστατών. Έτσι, ο αγγλικός, ο γαλλικός και ο ρωσικός στόλος είχαν αποκλείσει τα λιμάνια του Πόρου και της Ύδρας ώστε να μην επιτραπεί η ένωση των στόλων των επαναστατών. Ο ελλιμενισμένος εθνικός στόλος στον Πόρο ήταν υπό την αρχηγία πλέον του Μιαούλη ενώ μια μικρή μοίρα, υπό την αρχηγία του Κανάρη, δεν δεχόταν να υπακούσει στους επαναστάτες. Και ενώ ο Άγγλος και ο Γάλλος ναύαρχος, κωλυσιεργώντας, έπλευσαν προς το Ναύπλιο για να συσκεφθούν με τους αντιπρέσβεις,ο Ρώσος ναύαρχος Ρίκορντ ανέλαβε να εφαρμόσει, μόνος αυτός, τις οδηγίες του Καποδίστρια. Απέκλεισε τους αντάρτες, ήρθε σε προστριβές μαζί τους, τίναξε στον αέρα τη «Νήσο των Σπετσών», αιχμαλώτισε ένα ακόμη πλοίοκαι τελικά εξώθησε τον Μιαούλη στο «Μεγαλουργόν έγκλημα». Το πρωί της 1ης Αυγούστου 1831 ο Μιαούλης, όπως είχε προειδοποιήσει τον Ρίκορντ, ανατίναξε δύο από τα πιο σύγχρονα τότε πλοία του ελληνικού ναυτικού, την φρεγάτα «Ελλάς» και την κορβέτα «Ύδρα». Ο Δ. Χοϊδάς, σε επιστολή του προς τον Αυγουστίνο Καποδίστρια, από την Τρίπολη, στις 10 Αυγούστου 1831, ανάμεσα σε πολλές άλλες σημαντικές πληροφορίες για την τραγική κατάσταση που επικρατούσε σε όλη τη χώρα, έγραφε πως οι Υδραίοι έλεγαν ότι «την φρεγάδαν (Ελλάς) την έκαυσαν δι ‘ αδείας του πρέσβεως της Αγγλίας, όστις τους υπεσχέθη ότι τους δίδει άλλην» και η αστυνομία του Ναυπλίου είχε πληροφορίες «ότι οι δύο πρέσβεις (Αγγλίας και Γαλλίας) έλαβαν μέρος με τους Υδραίους και ότι έγραψαν εις τον Ρίκορδ να παύσει από τας κατ’ αυτών εχθροπραξίας του έως ότου να έλθει ο παρά των τριών δυνάμεων απεστελλόμενος πληρεξούσιος, όστις είναι ο ναύαρχος Άγγλος, της μοίρας του Αιγαίου πελάγους…». Και πρόσθετε ότι στην ‘Υδρα είχαν καταφθάσει «δύο πλοία γαλλικόν και αγγλικόν… και οι δύο ναύαρχοι (ο Άγγλος και ο Γάλλος) με τρόπον προσφέρουσι βοηθήματα εις την Ύδραν και τους λέγουσι να επιμένουν εις τον σκοπόν των και να μη φοβώνται διόλου, διότι επιτυγχάνουσι το ποθούμενον…».
Ο ίδιος ο Καποδίστριας είχε γνώση για τους σχεδιασμούς των συγκεκριμένων ξένων δυνάμεων εναντίον του. Στις 31 Ιουλίου 1831, σε επιστολή του προς τον Γάλλο ναύαρχο Lalande, που υπηρετούσε στην Ελλάδα, του αποκάλυψε ότι γνώριζε όλες τις δολοπλοκίες των Άγγλων και των Γάλλων, με τρόπο που καταπλήσσει: «Εγώ δε, και τις δολοπλοκίες όλων σας τις εγνώριζα, αλλά έκρινα ότι δεν έπρεπε με κανένα τρόπο να κόψω το νήμα της συνεργασίας μαζί σας, γιατί έδινα προτεραιότητα στην ανόρθωση και στην ανασυγκρότηση της Ελλάδος. Αν έκοβα τις σχέσεις με τις λεγόμενες «προστάτιδες» Δυνάμεις, τούτο θα ήταν εις βάρος της Ελλάδος και δεν ήθελα με κανένα τρόπο να προσθέσω βάρος και στη συνείδησή μου. Και άφησα τα πράγματα να λαλήσουν μόνα τους...» Στις 14 Σεπτεμβρίου 1831, έστειλε στον Έλληνα πρέσβυ στο Παρίσι πρίγκηπα Α. Σούτσο επιστολή με την οποία, με εθνική αγανάκτηση, διαμαρτύρεται και του ζητά να προβεί σε σχετικά διαβήματα στη γαλλική κυβέρνηση, για την πρωτοφανή και ανεπίτρεπτη ανάμιξη των Γάλλων και των Άγγλων αξιωματικών στις φοβερές αντικυβερνητικές ενέργειες της Ύδρας και της Μάνης και για την απροκάλυπτη σύμπραξη και τη βοήθειά τους προς τους ταραχοποιούς.
Ήδη, από το το προηγούμενο έτος 1830 είχε ξεσπάσει ανταρσία στη Μάνη υπό την ηγεσία του Τζανή Μαυρομιχάλη, αδελφού του Πετρόμπεη. Ο τελευταίος ετέθη σε περιορισμό στο Ναύπλιο, ζήτησε να πάει στη Μάνη για να την ησυχάσει, το αίτημά του δεν έγινε δεκτό, αποπειράθηκε να διαφύγει με αγγλικό πλοίο, συνελήφθη και φυλακίστηκε. Βαρέως φέροντες τη μεταχείριση αυτή του αρχηγού της οικογενείας τους, και μέσα στο τεταμένο και από τα γεγονότα του Πόρου κλίμα, οι Κωνσταντίνος και Γεώργιος Μαυρομιχάλης, αδερφός και γιος του Πετρόμπεη αντίστοιχα, εφάρμοσαν το μανιάτικο έθιμο της βεντέτας. Το πρωί της 27ης Σεπτεμβρίου 1831 με το Ιουλιανό ημερολόγιο (δηλαδή στις 9 Οκτωβρίου 1831), έξω από την εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνος πυροβόλησαν και μαχαίρωσαν θανάσιμα τον κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια, καθώς πήγαινε να παρακολουθήσει την κυριακάτικη θεία λειτουργία. Τον Καποδίστρια συνόδευε ο Κρητικός μονόχειρας σωματοφύλακάς του Γεώργιος Κοζώνης, ο οποίος πυροβόλησε τον Κωνσταντίνο Μαυρομιχάλη. Τον τελευταίο τον αποτελείωσε ο όχλος, το δε πτώμα του πετάχθηκε στο λιμάνι. Ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης κατέφυγε στη γαλλική πρεσβεία, από όπου και παραδόθηκε στις αρχές για να δικαστεί ύστερα από την επιμονή του πλήθους που είχε συγκεντρωθεί και απειλούσε να κάψει την πρεσβεία. Τελικώς καταδικάστηκε σε θάνατο και τουφεκίστηκε λίγες μέρες αργότερα. Ο τραγικός θάνατος του Καποδίστρια βύθισε σε θλίψη τον γεωργικό πληθυσμό, ενώ αντίθετα στην Ύδρα δέχτηκαν την είδηση με πανηγυρισμούς.
Υποστηρίζεται ότι καταλυτικό ρόλο στην δολοφονία του διαδραμάτισαν οι ξένες δυνάμεις.Είναι δε χαρακτηριστικό, ότι παρά την παρέλευση τόσο μεγάλου χρονικού διαστήματος, ο φάκελος για τη δολοφονία του Καποδίστρια στα βρετανικά αρχεία παραμένει ακόμη απόρρητος. Στο σχεδιασμό της συνομωσίας φαίνεται πως πρωτοστάτησε ο Γάλλος στρατηγός Gerard, διοικητής τότε του τακτικού στρατού που επιχείρησε να οργανώσει ο ίδιος ο Καποδίστριας. Δύο ολόκληρους μήνες πριν από τη δολοφονία, οι αξιωματικοί του γαλλικού εκστρατευτικού σώματος στην Πελοπόννησο στις μεταξύ τους συζητήσεις δεν αμφέβαλλαν καθόλου, ότι πλησίαζε η ημέρα της δολοφονίας, ή απλώς της ανατροπής, του Κυβερνήτη.
Από τους δολοφόνους αδελφούς, ο Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης λίγο πριν πεθάνει από την πιστολιά του φρουρού του Καποδίστρια, ζητώντας έλεος είπε στους αστυνομικούς : ''Δεν φταίω εγώ στρατιώται, άλλοι με έβαλαν". Προς τη κατεύθυνση της εμπλοκής της Γαλλίας συναινεί και η μαρτυρία που μεταφέρει ο ιστορικός και αγωνιστής Νικόλαος Κασομούλης, ότι ο έτερος εκτελεστής του Κυβερνήτη Γεώργιος Μαυρομιχάλης κατέφυγε στο σπίτι του πρέσβυ της Γαλλίας βαρώνου Ρουάν, δηλώνοντάς του: "Σκοτώσαμε τον τύραννο. Μπιστευόμαστε την τιμή της Γαλλίας. Να τα άρματά μας".
Η απόφαση του Γάλλου πρέσβυ Ρουάν να παράσχει άσυλο στον Γεώργιο Μαυρομιχάλη και η αρχική άρνησή του να τον παραδώσει με προφάσεις (όπως την επίδειξη εντάλματος σύλληψης) απετέλεσε χαρακτηριστική και απροκάλυπτη παροχή πολιτικής προστασίας και κάλυψης του εγκλήματος. Πάντως, παρά την προσπάθεια κωλυσιεργίας, υπό την απειλή του εξεγερμένου λαού που είχε περικυκλώσει την πρεσβεία, ο Ρουάν αναγκάστηκε να παραδώσει τον Γεώργιο Μαυρομιχάλη στις αρχές. Οι αντιπρόσωποι της Γαλλίας συνέχισαν να παρέχουν υποστήριξη προς τους δολοφόνους του Κυβερνήτη, ακόμη και κατά τη διάρκεια της δίκης που ακολούθησε.Αξιοσημείωτη και αποκαλυπτική είναι, επίσης, και η στάση του πρέσβυ της Αγγλίας, ο οποίος αμέσως μετά την δολοφονία του Καποδίστρια, ζήτησε να ληφθούν αυστηρά μέτρα κατά του εξεγερμένου λαού, ακόμη και καταστολή με τη χρήση όπλων, απειλώντας την τριμελή προσωρινή Διοικητική επιτροπή (που απαρτιζόταν από τους Αυγουστίνο Καποδίστρια, Θεόδωρο Κολοκοτρώνη και Ιωάννη Κωλέττη), ακόμη και με αποχώρηση και διακοπή των διπλωματικών σχέσεων. Αρκετά αργότερα, το 1840 ο ίδιος ο Πετρόμπεης Μαυρομιχάλης, ακούγοντας κάποιον να κατηγορεί τον Καποδίστρια, φέρεται να είπε τούτα τα λόγια: «'Δεν μετράς καλά φιλόσοφε… Ανάθεμα στους Αγγλογάλλους που ήσαν η αιτία κι εγώ έχασα τους δικούς μου, και το Έθνος έναν άνθρωπο που δε θα τονε ματαβρεί, και το αίμα του με παιδεύει ως τώρα…’»' Για την δολοφονία του Καποδίστρια ο Ελβετός φιλέλληνας Ι.Γ. Εϋνάρδος είπε: «Όστις δολοφόνησε τον Καποδίστρια, δολοφόνησε την πατρίδα του. Ο θάνατός του είναι συμφορά για την Ελλάδα και δυστύχημα ευρωπαϊκόν.»
Μετά τη δολοφονία του Ιωάννη Καποδίστρια τη θέση του κυβερνήτη ανέλαβε για κάποιο διάστημα ο αδερφός του Αυγουστίνος Καποδίστριας, ως πρόεδρος της προαναφερθείσας Διοικητικής Επιτροπής που διόρισε η Γερουσία. Τη σορό του Καποδίστρια την μετέφερε ο αδερφός του στην Κέρκυρα, όπου και ενταφιάστηκε στη Μονή Πλατυτέρας. Ως κυβερνήτης ο Καποδίστριας αρνήθηκε να δεχθεί μισθό, όπως επίσης αρνήθηκε χρηματική αποζημίωση από τον Τσάρο για να μην κατηγορηθεί από τους αντιπάλους του για μεροληψία απέναντι στη Ρωσία, ενώ διέθεσε όλη του την περιουσία για τους σκοπούς του κράτους