Η πρόταση που περίμενε από τη Ρωσία ήρθε τον Μάιο του 1808,
όταν ο Κόμης Νικόλαος Πέτροβιτς Ρουμιάντσεφ, επικεφαλής του υπουργείου
εξωτερικών της Ρωσικής Αυτοκρατορίας, του έστειλε επιστολή με την οποία,
αφού του ανακοίνωνε ότι τιμήθηκε με τον τίτλο του ιππότη Β' Τάξεως του τάγματος της Αγίας Άννας, τον προσκαλούσε στην Αγία Πετρούπολη, όπου έφτασε τον Ιανουάριο του επόμενου έτους. Αρχικά ο Ρουμιάντσεφ τον διόρισε επιτετραμμένο στην αυλή του αντιβασιλιά της Ιταλίας,
διορισμός όμως που ακυρώθηκε. Τελικώς διορίστηκε στο Υπουργείο
Εξωτερικών ως κρατικός σύμβουλος. Αφού παρέμεινε για δύο χρόνια στην Αγία Πετρούπολη, διορίστηκε στις 20 Αυγούστου 1811 ακόλουθος στην πρεσβεία της Βιέννης, θέση στην οποία παρέμεινε μέχρι τον Μάιο του 1812. Επόμενος σταθμός στην πορεία του ήταν το Βουκουρέστι, όπου διορίστηκε ως αξιωματούχος με πολιτικά καθήκοντα στη στρατιά του Δούναβη[2]. Εκεί συνδέθηκε με τον ναύαρχο Τσιτσαγκώφ, του οποίου έγινε σύμβουλος και διευθυντής του διπλωματικού του γραφείου[7].
Για τις υπηρεσίες του αυτές τιμήθηκε με τον βαθμό του κρατικού
συμβούλου εν ενεργεία. Την ίδια εποχή ο ναύαρχος Τσιτσαγκώφ
αντικαταστάθηκε λόγω δυσμένειας από τον στρατηγό Μπαρκλάυ ντε Τόλλυ
(Barclay de Tolly) χωρίς όμως αυτό να επηρεάσει τον Καποδίστρια, στον
οποίο απονεμήθηκε το παράσημο Γ' Τάξεως του Αγίου Βλαδίμηρου. Τον Οκτώβριο του 1813 παρασημοφορήθηκε από τον Τσάρο με τον μεγαλόσταυρο της Αγίας Άννας.
Η άνοδος του Καποδίστρια στη ρωσική αυτοκρατορική αυλή επιβεβαιώθηκε με τον διορισμό του πρώτου από τον Τσάρο Αλέξανδρο ως μυστικού απεσταλμένου στην Ελβετία με σκοπό να προσεταιριστεί την φιλικά προσκείμενη προς την Γαλλία κυβέρνηση. Εκτός από τον Καποδίστρια, διορίστηκε και ο βαρόνος Lebzeltern, εκ μέρους της αυστριακής πλευράς, καθώς η αποστολή ήταν κοινή[8]. Παρόλα αυτά οι σκοποί δεν ήταν ακριβώς ίδιοι, καθώς οι Ρώσοι ενδιαφέρονταν να εξασφαλίσουν την ουδετερότητα και την ανεξαρτησία της Ελβετίας, ενώ οι Αυστριακοί να εγκαθιδρύσουν φίλα προσκείμενη κυβέρνηση και να εξασφαλίσουν άδεια διέλευσης των αυστριακών στρατευμάτων από την ελβετική επικράτεια. Ο Lebzeltern εργάστηκε μυστικά υπό τις οδηγίες του Μέτερνιχ προκειμένου να επιτύχει τους σκοπούς του. Στις 20 Δεκεμβρίου 1813 κάλεσε τον Καποδίστρια και του ζήτησε να υπογράψει διακοίνωση, με την οποία τα συμμαχικά στρατεύματα θα επιτρεπόταν να εισέλθουν στην ελβετική επικράτεια μέχρι να εξασφαλίσουν τα εδάφη που η Γαλλία είχε αποσπάσει από την Ελβετία. Ο Καποδίστριας, αντιλαμβανόμενος ότι η διακοίνωση ήταν έργο της αυστριακής κυβέρνησης, αρνήθηκε να την υπογράψει, αλλά λίγο αργότερα άλλαξε γνώμη[9]. Αφού την υπέγραψε εκ μέρους της ρωσικής πλευράς, αποχώρησε για την Βάδη, όπου βρισκόταν το στρατηγείο του Τσάρου. Ο τελευταίος περίμενε ότι ο Καποδίστριας δεν θα είχε υπογράψει τη διακοίνωση. Εξεπλάγη, όμως, όταν ο νεαρός διπλωμάτης του ανέφερε ότι έπραξε το αντίθετο. Σύμφωνα με τον Καποδίστρια, η ανακοίνωση της διακοίνωσης και η εισβολή του αυστριακού στρατού στην Ελβετία, θα είχαν ως αποτέλεσμα τον διχασμό των κατοίκων και παράλληλα να παρουσιαστούν οι Αυστριακοί ως υποκινητές πραξικοπήματος. Συνέστησε μάλιστα στον Τσάρο να ζητήσει την αποκήρυξη της διακοίνωσης, μιας και οι Αυστριακοί δε θα μπορούσαν να επικαλεστούν την υπογραφή του μυστικού πράκτορά τους, πράγμα το οποίο και έγινε. Το αποτέλεσμα των διπλωματικών κινήσεων του Καποδίστρια ήταν οι Αυστριακοί να χάσουν κάθε έρεισμα στην Ελβετία, η οποία εξασφάλισε την ουδετερότητα και την ανεξαρτησία της[9].
Οι διπλωματικές εξελίξεις στη Ζυρίχη συνεχίζονταν χωρίς όμως κάποιο συγκεκριμένο αποτέλεσμα, αφού τα ομόσπονδα κράτη της Ελβετίας διαφωνούσαν μεταξύ τους. Ο Τσάρος Αλέξανδρος διόρισε τον Καποδίστρια έκτακτο απεσταλμένο του και πληρεξούσιο υπουργό για την Ελβετία. Από τη θέση αυτή συνεισέφερε στο ελβετικό σύνταγμα, που προέβλεπε αυτόνομα κρατίδια (καντόνια) σαν μέλη της Ελβετικής ομοσπονδίας, με προσωπικά προσχέδια. Συγκεκριμένα, απέστειλε υπόμνημα προς τον πρόεδρο της Δίαιτας (βουλής) με τα βασικά στοιχεία που θα έπρεπε να περιέχει το σύνταγμα. Πράγματι, κατά το μεγαλύτερο μέρος του, το υπόμνημα ακολουθήθηκε. Να σημειωθεί επίσης ότι η συμμετοχή της Γενεύης στο νέο αυτό κρατίδιο ήταν καθαρά δική του πρωτοβουλία[10]. Στη συνέχεια πήγε στο Παρίσι προκειμένου να συνομιλήσει με τον Τσάρο για το θέμα των Επτανήσων, δίχως όμως να λάβει κάποια διαβεβαίωση[10]. Κατά την παραμονή του παρασημοφορήθηκε με τον σταυρό β΄ τάξεως, του Αγίου Βλαδίμηρου. Στις αρχές Σεπτεμβρίου πραγματοποιήθηκε το Συνέδριο της Βιέννης, συνέδριο σταθμός για την ευρωπαϊκή ιστορία, στο οποίο συμμετείχε ως μέλος της ρωσικής αντιπροσωπίας. Στα τέλη του 1814 διορίστηκε αντιπρόσωπος της Ρωσίας στις επίσημες συνεδριάσεις της επιτροπής των πέντε, ενώ τιμήθηκε με τον μεγαλόσταυρο του Λεοπόλδου και τον μεγαλόσταυρο του Ερυθρού Αετού από τον βασιλιά της Αυστρίας και της Πρωσίας αντίστοιχα. Η παρουσία του Καποδίστρια στη Βιέννη πρέπει να θεωρείται καταλυτική, καθώς με τις συμβουλές του επηρέαζε αποφασιστικά τον Τσάρο. Κατά τον ιππότη φον Γκεντς, σύμβουλο του Μέττερνιχ, η τελική πράξη του συνεδρίου που υπογράφηκε τον Μάιο του 1815 ήταν δημιούργημα του Καποδίστρια και του ιδίου[7].
Σχετικά με τη στάση του Καποδίστρια στα ελληνικά ζητήματα είναι απαραίτητο να αναφερθεί το συγκεκριμένο περιστατικό: σε κάποια στιγμή των εργασιών του συνεδρίου θεώρησε ότι ήταν και η καταλληλότερη στιγμή να θέσει υπόψη του συνεδρίου το ζήτημα των Ελλήνων που παρέμεναν υπό τον τουρκικό ζυγό. Τότε πλησιάζοντας τον Αυτοκράτορα Αλέξανδρο του μίλησε ιδιαιτέρως προκειμένου εκείνος ν΄ αναλάβει την πρόνοια υπέρ των Ελλήνων προσθέτοντας μεταξύ άλλων ότι οι Έλληνες μετά τον Θεό θεωρούν προστάτη τους μόνο την ομόθρησκη Αυτοκρατορία (Ρωσία)[11]. Τότε ο Τσάρος του έδωσε την άδεια να θέσει το ζήτημα σε μία των συνεδριάσεων και στη συνέχεια θ΄ αναλάμβανε εκείνος το βάρος. Πράγματι ο Καποδίστριας στην αμέσως επόμενη συνεδρίαση λαμβάνοντας τον λόγο είπε: «Νομίζω πως χρέος των Μεγαλειοτάτων είναι να λάβετε οποιαδήποτε πρόνοιαν και δια το καταδυναστευόμενον ελληνικόν έθνος παρά της Οθωμανικής εξουσίας, το οποίον υποφέρει τόσους αιώνας τον τυραννικόν οθωμανικόν ζυγόν και το οποίον διακινδυνεύει να πέση εις την τελευταίαν εξόντωσιν και τον μηδενισμόν, όθεν δεν μου φαίνεται δίκαιον το να αδιαφορήσουν οι Βασιλείς.»[12]. Τότε ο Μέττερνιχ, που καλλιεργούσε αντιλαϊκά πνεύματα[12], σηκώθηκε και απαντώντας στον Ρώσο διπλωμάτη Καποδίστρια με έντονο ειρωνικό, προσβλητικό αλλά και απειλητικό τρόπο[12] είπε: «Κύριε Κόμη! Η Ευρώπη δεν γνωρίζει Έλληνας, γνωρίζει την Οθωμανικήν Αυτοκρατορίαν υπό της οποίας την εξουσίαν είναι οι κατοικούντες σ΄ αυτήν Έλληνες. Δια τούτο φαίνεται, Κύριε Κόμη, υποστήριξες τόσον, και άφησες εκτός Συνδέσμου της Ιεράς Συμμαχίας, το απέραντον Οθωμανικόν Κράτος, αλλά δεν θα επιτύχεις τις ελπίδες σου περί τούτων»[12][13]. Τότε ο Αυτοκράτορας Αλέξανδρος θεωρώντας την προσβολή αυτή του αντιπροσώπου του ως ενάντια του προσώπου του εγέρθηκε και με έντονη φωνή διέκοψε τον Μέττερνιχ[12] λέγοντάς του: «Οι Έλληνες διά της Θείας Πρόνοιας και της Ευρωπαϊκής αιχμής ενόπλου βοήθειας θέλουν ελευθερωθούν ταχέως και συμφώνως προς τα αρχαία πατρογονικά των δίκαια, θα μείνουν ελεύθεροι, αυτόνομοι και ανεξάρτητοι.»[12][13] Κατόπιν αυτών ο μεν Καποδίστριας δεν συνέχισε την ομιλία του αλλά και ούτε ο Μέττερνιχ τόλμησε ν΄ απαντήσει[12], στη δε δημιουργηθείσα εκείνη ένταση που φαίνεται πως μάλλον επέφερε κάποια διακοπή, ανέλαβε στη συνέχεια ο αρχηγός της ρωσικής αντιπροσωπίας Νέσελροντ να θέσει αντιπρόταση επί της εισήγησης του Καποδίστρια της οποίας ακολούθησαν διάφορες ανταλλαγές απόψεων, που εκλήφθηκαν τελικά μόνο ως βολιδοσκοπήσεις των άλλων Ηγεμόνων, επί του ελληνικού ζητήματος, χωρίς να ληφθεί σχετική απόφαση.
Το 1815 ίδρυσε τη Φιλόμουσο εταιρεία μαζί με τον Μητροπολίτη Ιγνάτιο, τον Άνθιμο Γαζή, τον Στούρτζα κ.α. και σκοπός της ήταν να βοηθήσει νεαρούς Έλληνες να σπουδάσουν. Τα μέλη αυτής ήταν με το πλευρό των Ρώσων γι΄ αυτό και η αυστριακή αστυνομία παρακολουθούσε τις δραστηριότητές της[14]. Με την είσοδο των συμμαχικών δυνάμεων στο Παρίσι μετά την μάχη του Βατερλώ, ο Καποδίστριας ανέλαβε την εκπροσώπηση της Ρωσίας στην ομώνυμη συνδιάσκεψη, όπου προσπάθησε να επιβάλει τις ρωσικές απόψεις, πετυχαίνοντας την ακεραιότητα της Γαλλίας και την επιβολή συνταγματικής διακυβέρνησης στα Επτάνησα[3]. Με δική του παρέμβαση πέτυχε οι Ηνωμένες πολιτείες των Ιόνιων Νήσων να αποκτήσουν τα βασικά χαρακτηριστικά κράτους δηλαδή σύνταγμα, ένοπλες δυνάμεις, εκλεγμένη κυβέρνηση και σημαία. Η συνθήκη της 5ης Νοεμβρίου 1815 αποτελεί μια από τις σημαντικότερες επιτυχίες στην προσωπική διαδρομή του Καποδίστρια.
Μετά τη συνδιάσκεψη των Παρισίων ο Τσάρος διόρισε τον Καποδίστρια γραμματέα επί των εξωτερικών υποθέσεων. Εδώ πρέπει να σημειωθεί ότι ήδη από το 1814 ο Τσάρος Αλέξανδρος είχε αποφασίσει να αφήσει κενή τη θέση του υπουργού εξωτερικών και να χειριστεί μόνος του την εξωτερική πολιτική διορίζοντας όμως ως γραμματέα του επί των εξωτερικών υποθέσεων τον Νέσελροντ. Τον επόμενο χρόνο διόρισε και δεύτερο γραμματέα, αυτή τη φορά τον Καποδίστρια[iv]. Ο Νέσελροντ είχε χάσει την αυτοκρατορική εύνοια από καιρό, οπότε ουσιαστικός διαχειριστής των εξωτερικών υποθέσεων ήταν ο Καποδίστριας, ο οποίος συμβούλευε τον Τσάρο για όλα τα θέματα. Ως γραμματέας πλέον επί των εξωτερικών, ο Καποδίστριας συμμετείχε στο συνέδριο του Άαχεν και στη διάσκεψη του Κάρλσμπαντ. Μετά το τέλος των διπλωματικών του υποχρεώσεων ζήτησε και έλαβε άδεια για να ταξιδέψει στην πατρίδα του, την Κέρκυρα. Μετά απο παραμονή δύο μηνών αναχώρησε για την Ιταλία και στη συνέχεια για το Λονδίνο, όπου έτυχε ψυχρής υποδοχής. Στις συζητήσεις του με τους Άγγλους αξιωματούχους σχετικά με το ζήτημα των Ιονίων νήσων δε βρήκε ανταπόκριση με αποτέλεσμα να αποχωρήσει άπρακτος για την Αγία Πετρούπολη.
Το 1820 και 1821 συμμετείχε στα συνέδριο του Τροππάου και του Λάιμπαχ. Στα δύο αυτά συνέδρια ο Τσάρος Αλέξανδρος επηρεασμένος από το Μέττερνιχ ακολούθησε την πολιτική της Αυστρίας παραμερίζοντας σε μεγάλο βαθμό τον Καποδίστρια. Στο συνέδριο του Λάιμπαχ ήρθε η είδηση για την εξέγερση του Αλέξανδρου Υψηλάντη και την επανάσταση στη Μολδοβλαχία[v]. Ο Υψηλάντης μάλιστα απέστειλε επιστολή στον Τσάρο ζητώντας του τη βοήθειά του. Η απάντηση του Τσάρου ήταν η επίσημη καταδίκη της Επανάστασης, η απόταξη του Αλ.Υψηλάντη[15] και η άδεια εισόδου του Τουρκικού στρατού στις Ηγεμονίες[16], μέτρα που στον Υψηλάντη ειδικά ανακοινώθηκαν με επιστολή γραμμένη και υπογεγραμμένη από τον Καποδίστρια[17]. Παρ' όλα αυτά, ο Καποδίστριας μυστικά πίεζε τον Τσάρο να ταχθεί υπέρ των Ελλήνων. Στο δε συνέδριο έδωσε πραγματική μάχη για να μην αποσταλεί βοήθεια προς την Οθωμανική Αυτοκρατορία και οι ξένες δυνάμεις να κρατήσουν αυστηρή ουδετερότητα. Σε αυτό το πλαίσιο κινήσεων εξηγείται και το τελεσίγραφο που επέδωσε ο Ρώσος πρεσβευτής στην Κωνσταντινούπολη στο Σουλτάνο ύστερα από τον απαγχονισμό του Πατριάρχη Γρηγορίου Ε΄ και τις σφαγές των Ελλήνων[7]. Η διαφωνία μεταξύ Τσάρου και Καποδίστρια δεν άργησε να εκδηλωθεί. Ο δεύτερος υποστήριζε την ανάληψη μονομερούς ενέργειας κατά της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, ενώ ο πρώτος ενδιαφερόταν μόνο για τη στάση του Λονδίνου. Από τα τέλη του 1821 ο Καποδίστριας είχε χάσει την αυτοκρατορική εύνοια και στις αρχές του 1822 ο Τσάρος αποφάσισε να αφαιρέσει τη διαχείριση του ανατολικού ζητήματος από τον Καποδίστρια. Το Φεβρουάριο του 1822 ο Τσάρος απέστειλε εν αγνοία του Καποδίστρια στη Βιέννη τον Τατίτσεφ με εντολές να εξουσιοδοτήσει τον Μέττερνιχ να διαπραγματευθεί για λογαριασμό της Ρωσίας με την Υψηλή Πύλη[18]. Λίγες μέρες πριν ο Αυστριακός πρεσβευτής είχε παραπονεθεί στον Τσάρο ότι ο Καποδίστριας επίτηδες συκοφαντούσε τον Αυτοκράτορα της Αυστρίας στον Τσάρο προκειμένου να επιτύχει τους σκοπούς του σχετικά με το ανατολικό ζήτημα.
Ο παραγκωνισμός του στην αυλή από τον Νέσελροντ και η συνεχής διαφωνία του με τον Τσάρο τον ανάγκασαν να ζητήσει ιδιαίτερη ακρόαση από τον τελευταίο. Σε αυτή του ανακοίνωσε τη διαφωνία του σχετικά με τη νέα εξωτερική πολιτική. Απότοκος της συζήτησης αυτής ήταν η παραχώρηση άδειας για λόγους υγείας στον Καποδίστρια[18]. Ο Τσάρος απέφυγε να τον απομακρύνει από την θέση του υπουργού εξωτερικών για να μη γίνει γνωστή η διαφωνία τους. Στις 19 Αυγούστου 1822 αναχώρησε από την Αγία Πετρούπολη και λίγους μήνες αργότερα εγκαταστάθηκε στην Γενεύη, όπου έχαιρε ιδιαίτερης εκτίμησης. Εκεί συναναστρεφόταν με τον γνωστό τραπεζίτη Εϋνάρδο και προσπάθησε να βοηθήσει την επαναστατημένη Ελλάδα ενισχύοντας τον φιλελληνισμό. Παράλληλα, πραγματοποιούσε επαφές με διακεκριμένες προσωπικότητες, όπως τον Στράτφορντ Κάνινγκ (Stratford Canning), ξάδερφο του πρωθυπουργού της Μεγάλης Βρετανίας Γεώργιου Κάνινγκ και πρεσβευτή αυτής στην Κωνσταντινούπολη κ.α.
Μία απο τις πρώτες του κινήσεις ήταν η καταστολή της πειρατείας, έργο το οποίο ανέλαβε με επιτυχία ο Ανδρέας Μιαούλης[34]. Παράλληλα, προχώρησε στην αναδιοργάνωση των ενόπλων δυνάμεων, μετατρέποντας βαθμιαία τα άτακτα στρατεύματα σε τακτικό στρατό[35], και υπάγοντας τον στόλο στην ουσιαστική δικαιοδοσία της κυβέρνησης, δεδομένου ότι μέχρι τότε τα πλοία ήταν ιδιοκτησία των καραβοκυραίων. Με αυτόν τον τρόπο προσπάθησε να προστατέψει τα σύνορα και να μειώσει την επιρροή των μέχρι τότε τοπαρχών («μίαν ευχήν διαβιβάζουσί μοι αι επαρχίαι, την διά παντός απαλλαγήν αυτών από της τυραννίας των προυχόντων και των οπλαρχηγών»)[36]. Στην προσπάθεια αναδιοργάνωσης του στρατού περιλαμβάνεται και η ίδρυση της Στρατιωτικής Σχολής Ευελπίδων. Ίδρυσε Εθνικό Νομισματοκοπείο και καθιέρωσε τον φοίνικα ως εθνικό νόμισμα, αντικαθιστώντας το Τουρκικό γρόσι. Όσον αφορά στην εκπαίδευση κατασκεύασε νέα σχολεία, εισήγαγε τη μέθοδο του αλληλοδιδακτικού σχολείου, ίδρυσε εκκλησιαστική σχολή στον Πόρο, καθώς και το Ορφανοτροφείο Αίγινας σε μια προσπάθεια να οργανώσει το σχεδόν ανύπαρκτο εκπαιδευτικό σύστημα. Δεν ίδρυσε όμως πανεπιστήμιο, καθώς θεωρούσε ότι έπρεπε να υπάρξουν πρώτα απόφοιτοι μέσης εκπαίδευσης. Στο πρόβλημα της διανομής της εθνικής γης ο Καποδίστριας δεν κατάφερε να βρει λύση κι έτσι εκατομμύρια στρέμματα παρέμειναν στους μεγαλοϊδιοκτήτες (κοτζαμπάσηδες και Εκκλησία). Μερίμνησε επίσης για την ανοικοδόμηση του Μεσολογγίου και των Πατρών, όπου έστειλε τον Κερκυραίο αρχιτέκτονα Σταμάτη Βούλγαρη. Σημαντική ήταν και η συμβολή του στο εμπόριο με την παραχώρηση δανείων στους νησιώτες για την αγορά πλοίων και την κατασκευή ναυπηγείων στον Πόρο και το Ναύπλιο. Τον Οκτώβριο του 1829 ίδρυσε το πρώτο αρχαιολογικό μουσείο στην Αίγινα.
Όσον αφορά στην ελληνική οικονομία, ο Καποδίστριας επέδειξε ιδιαίτερο ενδιαφέρον για τη γεωργία, βασική πηγή πλούτου της Ελλάδας. Ίδρυσε τη Γεωργική Σχολή της Τίρυνθας και έγινε η πρώτη απόπειρα για την καλλιέργεια πατάτας. Στον Καποδίστρια αποδίδεται ένας τρόπος για την εισαγωγή της καλλιέργεια της πατάτας, ο οποίος αποδίδεται επίσης και στον Φρειδερίκο το Μεγάλο της Πρωσσίας το 1774[37], κάτι που παραμένει περίφημο ανέκδοτο σήμερα: Παραγγέλλοντας ένα φορτίο πατάτες, πρώτα διέταξε ότι πρέπει να προσφερθούν σε όποιον θα ενδιαφερόταν. Όμως οι πατάτες αντιμετωπίστηκαν με αδιαφορία από τον πληθυσμό και ολόκληρο το σχέδιο φάνηκε να αποτυχαίνει. Όμως ο Καποδίστριας, έχοντας γνώση των ελληνικών συνηθειών, διέταξε ολόκληρη η αποστολή των πατατών να ξεφορτώνεται σε δημόσια επίδειξη στις αποβάθρες του Ναυπλίου, αλλά να φυλάσσονται από φαινομενικά αυστηρές φρουρές. Σύντομα, κυκλοφόρησαν φήμες για τις πατάτες, ότι, αφού τόσο καλά φρουρούνταν, έπρεπε να είναι μεγάλης σπουδαιότητας. Και αφού ήταν έτσι, κάποιοι δοκίμαζαν να τις κλέψουν. Οι φρουρές είχαν διαταχθεί εκ των προτέρων να κάνουν με τρόπο τα στραβά μάτια και να επιτρέπουν ουσιαστικά την κλοπή. Έτσι, αναφέρει η ιστορία - αστικός μύθος - σύντομα όλες οι πατάτες του φορτίου είχαν κλαπεί και το σχέδιο του Καποδίστρια να τις εισαγάγει στην Ελλάδα είχε πετύχει. Προσπαθώντας να ενισχύσει την ελληνική οικονομία ίδρυσε την «Εθνική Χρηματιστική Τράπεζα», η οποία όμως απέτυχε, καθώς το δημόσιο εκμεταλλευόταν χωρίς όρους τα χρήματα των καταθέσεων[33].
Αν και δημιούργησε ελληνικό και γαλλικό τυπογραφείο στην Αίγινα, πραγματοποίησε διώξεις εναντίον του Τύπου. Χαρακτηριστικά παραδείγματα είναι οι περιπτώσεις των εφημερίδων Ανεξάρτητος, Ηώς και Απόλλων, που είτε έκλεισαν λόγω αντικυβερνητικών θέσεων είτε οι εκδότες του διώχθηκαν. Σφοδρή κριτική υπήρξε και για την τοποθέτηση των δύο αδερφών του, Βιάρου και Αυγουστίνου στις δύο κορυφαίες θέσεις, αυτές του αρχιναυάρχου και αρχιστράτηγου αντίστοιχα. Κατά γενική ομολογία και οι δύο θεωρούντο ακατάλληλοι για τις θέσεις αυτές, ενώ κάποιοι ιστορικοί φτάνουν στο σημείο να θεωρούν ότι έπαιξαν καθοριστικό ρόλο στην πτώση του κυβερνήτη.
Ο Καποδίστριας θεωρούνταν άνθρωπος της Ρωσίας. Ο Ρωσοτουρκικός πόλεμος του 1828 που ξέσπασε ενέτεινε την δυσπιστία μεταξύ των δύο πλευρών δεδομένου μάλιστα ότι ο Τζώρτζ Κάνινγκ, που κινούσε ως τότε τα νήματα επ’ ωφελεία της Ελλάδος, είχε πεθάνει το 1827, ακριβώς την εποχή που ο Καποδίστριας έφτανε στο Λονδίνο. Η ψυχρότητα με την οποία οι Άγγλοι πολιτικοί (ο Γεώργιος Δ΄πρωτίστως) αντιμετώπισαν τον Καποδίστρια, οφειλόταν στον φόβο τους ότι οι ρωσικές επιτυχίες επί της Τουρκίας θα είχαν σαν συνέπεια την στερεότερη πρόσδεση στο άρμα της Ρωσίας του ήδη, κατ'αυτούς, ρωσόφιλου Καποδίστρια. Κι εκτός απ’ αυτό, οι Γάλλοι του Μαιζόν κατείχαν την Πελοπόννησο και σκέφτονταν να επεκταθούν και στην Στερεά. Ήταν επόμενο οι Άγγλοι να είναι αυτή τη στιγμή άκρως επιφυλακτικοί έναντι της Ελλάδος, βλέποντας να κινδυνεύει η θέση τους στην ανατολική Μεσόγειο. Αλλά βέβαια η αγγλική εξωτερική πολιτική χαρακτηρίζεται από την προσαρμοστικότητά της : «Άμα η Αγγλία επέτυχε την περιστολήν της γαλλικής κατοχής, δεν εδίστασε να συμπράξη εις την προς βορράν επέκτασιν των ορίων της Ελλάδος δια του από 10/22 μαρτίου 1829 πρωτοκόλλου. Άμα δε εξέλιπε, διά της ειρήνης της Αδριανουπόλεως, ο από της Ρωσίας κίνδυνο, η Αγγλία επανήλθεν έτι οριστικώτερον εις την αρχαίαν αυτής προς την Ελλάδα ευμένειαν»[42]. Έτσι τον Ιανουάριο του 1830 υπογράφηκε το πρωτόκολλο του Λονδίνου, με το οποίο η Ελλάδα γινόταν κράτος εντελώς ανεξάρτητο με ηγεμόνα τον Λεοπόλδο και σύνορα τους ποταμούς Αχελώο και Σπερχειό. Μετά την παραίτηση του Λεοπόλδου και την δολοφονία του Καποδίστρια, οι Δυνάμεις «ανεβίβασαν την Ελλάδα εις τάξιν βασιλείου», με βασιλιά τον Όθωνα και σύνορα την γραμμή Βόλου-Άρτας.
Κατά τη διάρκεια της διακυβέρνησής του, ο Καποδίστριας λόγω της ισχνής οικονομικής κατάστασης του κράτους επιχείρησε να συνάψει δάνειο με τράπεζες του εξωτερικού, προσπάθεια που δεν ευόδωσε λόγω των αντιδράσεων της Μεγάλης Βρετανίας. Παρόλα αυτά η Ρωσία και η Γαλλία ανέλαβαν να ενισχύσουν οικονομικά την Ελλάδα, ενώ ιδιαίτερη φροντίδα επέδειξε ο Τσάρος αποστέλλοντας 3.750.000 γαλλικά φράγκα.
Η άνοδος του Καποδίστρια στη ρωσική αυτοκρατορική αυλή επιβεβαιώθηκε με τον διορισμό του πρώτου από τον Τσάρο Αλέξανδρο ως μυστικού απεσταλμένου στην Ελβετία με σκοπό να προσεταιριστεί την φιλικά προσκείμενη προς την Γαλλία κυβέρνηση. Εκτός από τον Καποδίστρια, διορίστηκε και ο βαρόνος Lebzeltern, εκ μέρους της αυστριακής πλευράς, καθώς η αποστολή ήταν κοινή[8]. Παρόλα αυτά οι σκοποί δεν ήταν ακριβώς ίδιοι, καθώς οι Ρώσοι ενδιαφέρονταν να εξασφαλίσουν την ουδετερότητα και την ανεξαρτησία της Ελβετίας, ενώ οι Αυστριακοί να εγκαθιδρύσουν φίλα προσκείμενη κυβέρνηση και να εξασφαλίσουν άδεια διέλευσης των αυστριακών στρατευμάτων από την ελβετική επικράτεια. Ο Lebzeltern εργάστηκε μυστικά υπό τις οδηγίες του Μέτερνιχ προκειμένου να επιτύχει τους σκοπούς του. Στις 20 Δεκεμβρίου 1813 κάλεσε τον Καποδίστρια και του ζήτησε να υπογράψει διακοίνωση, με την οποία τα συμμαχικά στρατεύματα θα επιτρεπόταν να εισέλθουν στην ελβετική επικράτεια μέχρι να εξασφαλίσουν τα εδάφη που η Γαλλία είχε αποσπάσει από την Ελβετία. Ο Καποδίστριας, αντιλαμβανόμενος ότι η διακοίνωση ήταν έργο της αυστριακής κυβέρνησης, αρνήθηκε να την υπογράψει, αλλά λίγο αργότερα άλλαξε γνώμη[9]. Αφού την υπέγραψε εκ μέρους της ρωσικής πλευράς, αποχώρησε για την Βάδη, όπου βρισκόταν το στρατηγείο του Τσάρου. Ο τελευταίος περίμενε ότι ο Καποδίστριας δεν θα είχε υπογράψει τη διακοίνωση. Εξεπλάγη, όμως, όταν ο νεαρός διπλωμάτης του ανέφερε ότι έπραξε το αντίθετο. Σύμφωνα με τον Καποδίστρια, η ανακοίνωση της διακοίνωσης και η εισβολή του αυστριακού στρατού στην Ελβετία, θα είχαν ως αποτέλεσμα τον διχασμό των κατοίκων και παράλληλα να παρουσιαστούν οι Αυστριακοί ως υποκινητές πραξικοπήματος. Συνέστησε μάλιστα στον Τσάρο να ζητήσει την αποκήρυξη της διακοίνωσης, μιας και οι Αυστριακοί δε θα μπορούσαν να επικαλεστούν την υπογραφή του μυστικού πράκτορά τους, πράγμα το οποίο και έγινε. Το αποτέλεσμα των διπλωματικών κινήσεων του Καποδίστρια ήταν οι Αυστριακοί να χάσουν κάθε έρεισμα στην Ελβετία, η οποία εξασφάλισε την ουδετερότητα και την ανεξαρτησία της[9].
Οι διπλωματικές εξελίξεις στη Ζυρίχη συνεχίζονταν χωρίς όμως κάποιο συγκεκριμένο αποτέλεσμα, αφού τα ομόσπονδα κράτη της Ελβετίας διαφωνούσαν μεταξύ τους. Ο Τσάρος Αλέξανδρος διόρισε τον Καποδίστρια έκτακτο απεσταλμένο του και πληρεξούσιο υπουργό για την Ελβετία. Από τη θέση αυτή συνεισέφερε στο ελβετικό σύνταγμα, που προέβλεπε αυτόνομα κρατίδια (καντόνια) σαν μέλη της Ελβετικής ομοσπονδίας, με προσωπικά προσχέδια. Συγκεκριμένα, απέστειλε υπόμνημα προς τον πρόεδρο της Δίαιτας (βουλής) με τα βασικά στοιχεία που θα έπρεπε να περιέχει το σύνταγμα. Πράγματι, κατά το μεγαλύτερο μέρος του, το υπόμνημα ακολουθήθηκε. Να σημειωθεί επίσης ότι η συμμετοχή της Γενεύης στο νέο αυτό κρατίδιο ήταν καθαρά δική του πρωτοβουλία[10]. Στη συνέχεια πήγε στο Παρίσι προκειμένου να συνομιλήσει με τον Τσάρο για το θέμα των Επτανήσων, δίχως όμως να λάβει κάποια διαβεβαίωση[10]. Κατά την παραμονή του παρασημοφορήθηκε με τον σταυρό β΄ τάξεως, του Αγίου Βλαδίμηρου. Στις αρχές Σεπτεμβρίου πραγματοποιήθηκε το Συνέδριο της Βιέννης, συνέδριο σταθμός για την ευρωπαϊκή ιστορία, στο οποίο συμμετείχε ως μέλος της ρωσικής αντιπροσωπίας. Στα τέλη του 1814 διορίστηκε αντιπρόσωπος της Ρωσίας στις επίσημες συνεδριάσεις της επιτροπής των πέντε, ενώ τιμήθηκε με τον μεγαλόσταυρο του Λεοπόλδου και τον μεγαλόσταυρο του Ερυθρού Αετού από τον βασιλιά της Αυστρίας και της Πρωσίας αντίστοιχα. Η παρουσία του Καποδίστρια στη Βιέννη πρέπει να θεωρείται καταλυτική, καθώς με τις συμβουλές του επηρέαζε αποφασιστικά τον Τσάρο. Κατά τον ιππότη φον Γκεντς, σύμβουλο του Μέττερνιχ, η τελική πράξη του συνεδρίου που υπογράφηκε τον Μάιο του 1815 ήταν δημιούργημα του Καποδίστρια και του ιδίου[7].
Σχετικά με τη στάση του Καποδίστρια στα ελληνικά ζητήματα είναι απαραίτητο να αναφερθεί το συγκεκριμένο περιστατικό: σε κάποια στιγμή των εργασιών του συνεδρίου θεώρησε ότι ήταν και η καταλληλότερη στιγμή να θέσει υπόψη του συνεδρίου το ζήτημα των Ελλήνων που παρέμεναν υπό τον τουρκικό ζυγό. Τότε πλησιάζοντας τον Αυτοκράτορα Αλέξανδρο του μίλησε ιδιαιτέρως προκειμένου εκείνος ν΄ αναλάβει την πρόνοια υπέρ των Ελλήνων προσθέτοντας μεταξύ άλλων ότι οι Έλληνες μετά τον Θεό θεωρούν προστάτη τους μόνο την ομόθρησκη Αυτοκρατορία (Ρωσία)[11]. Τότε ο Τσάρος του έδωσε την άδεια να θέσει το ζήτημα σε μία των συνεδριάσεων και στη συνέχεια θ΄ αναλάμβανε εκείνος το βάρος. Πράγματι ο Καποδίστριας στην αμέσως επόμενη συνεδρίαση λαμβάνοντας τον λόγο είπε: «Νομίζω πως χρέος των Μεγαλειοτάτων είναι να λάβετε οποιαδήποτε πρόνοιαν και δια το καταδυναστευόμενον ελληνικόν έθνος παρά της Οθωμανικής εξουσίας, το οποίον υποφέρει τόσους αιώνας τον τυραννικόν οθωμανικόν ζυγόν και το οποίον διακινδυνεύει να πέση εις την τελευταίαν εξόντωσιν και τον μηδενισμόν, όθεν δεν μου φαίνεται δίκαιον το να αδιαφορήσουν οι Βασιλείς.»[12]. Τότε ο Μέττερνιχ, που καλλιεργούσε αντιλαϊκά πνεύματα[12], σηκώθηκε και απαντώντας στον Ρώσο διπλωμάτη Καποδίστρια με έντονο ειρωνικό, προσβλητικό αλλά και απειλητικό τρόπο[12] είπε: «Κύριε Κόμη! Η Ευρώπη δεν γνωρίζει Έλληνας, γνωρίζει την Οθωμανικήν Αυτοκρατορίαν υπό της οποίας την εξουσίαν είναι οι κατοικούντες σ΄ αυτήν Έλληνες. Δια τούτο φαίνεται, Κύριε Κόμη, υποστήριξες τόσον, και άφησες εκτός Συνδέσμου της Ιεράς Συμμαχίας, το απέραντον Οθωμανικόν Κράτος, αλλά δεν θα επιτύχεις τις ελπίδες σου περί τούτων»[12][13]. Τότε ο Αυτοκράτορας Αλέξανδρος θεωρώντας την προσβολή αυτή του αντιπροσώπου του ως ενάντια του προσώπου του εγέρθηκε και με έντονη φωνή διέκοψε τον Μέττερνιχ[12] λέγοντάς του: «Οι Έλληνες διά της Θείας Πρόνοιας και της Ευρωπαϊκής αιχμής ενόπλου βοήθειας θέλουν ελευθερωθούν ταχέως και συμφώνως προς τα αρχαία πατρογονικά των δίκαια, θα μείνουν ελεύθεροι, αυτόνομοι και ανεξάρτητοι.»[12][13] Κατόπιν αυτών ο μεν Καποδίστριας δεν συνέχισε την ομιλία του αλλά και ούτε ο Μέττερνιχ τόλμησε ν΄ απαντήσει[12], στη δε δημιουργηθείσα εκείνη ένταση που φαίνεται πως μάλλον επέφερε κάποια διακοπή, ανέλαβε στη συνέχεια ο αρχηγός της ρωσικής αντιπροσωπίας Νέσελροντ να θέσει αντιπρόταση επί της εισήγησης του Καποδίστρια της οποίας ακολούθησαν διάφορες ανταλλαγές απόψεων, που εκλήφθηκαν τελικά μόνο ως βολιδοσκοπήσεις των άλλων Ηγεμόνων, επί του ελληνικού ζητήματος, χωρίς να ληφθεί σχετική απόφαση.
Το 1815 ίδρυσε τη Φιλόμουσο εταιρεία μαζί με τον Μητροπολίτη Ιγνάτιο, τον Άνθιμο Γαζή, τον Στούρτζα κ.α. και σκοπός της ήταν να βοηθήσει νεαρούς Έλληνες να σπουδάσουν. Τα μέλη αυτής ήταν με το πλευρό των Ρώσων γι΄ αυτό και η αυστριακή αστυνομία παρακολουθούσε τις δραστηριότητές της[14]. Με την είσοδο των συμμαχικών δυνάμεων στο Παρίσι μετά την μάχη του Βατερλώ, ο Καποδίστριας ανέλαβε την εκπροσώπηση της Ρωσίας στην ομώνυμη συνδιάσκεψη, όπου προσπάθησε να επιβάλει τις ρωσικές απόψεις, πετυχαίνοντας την ακεραιότητα της Γαλλίας και την επιβολή συνταγματικής διακυβέρνησης στα Επτάνησα[3]. Με δική του παρέμβαση πέτυχε οι Ηνωμένες πολιτείες των Ιόνιων Νήσων να αποκτήσουν τα βασικά χαρακτηριστικά κράτους δηλαδή σύνταγμα, ένοπλες δυνάμεις, εκλεγμένη κυβέρνηση και σημαία. Η συνθήκη της 5ης Νοεμβρίου 1815 αποτελεί μια από τις σημαντικότερες επιτυχίες στην προσωπική διαδρομή του Καποδίστρια.
Μετά τη συνδιάσκεψη των Παρισίων ο Τσάρος διόρισε τον Καποδίστρια γραμματέα επί των εξωτερικών υποθέσεων. Εδώ πρέπει να σημειωθεί ότι ήδη από το 1814 ο Τσάρος Αλέξανδρος είχε αποφασίσει να αφήσει κενή τη θέση του υπουργού εξωτερικών και να χειριστεί μόνος του την εξωτερική πολιτική διορίζοντας όμως ως γραμματέα του επί των εξωτερικών υποθέσεων τον Νέσελροντ. Τον επόμενο χρόνο διόρισε και δεύτερο γραμματέα, αυτή τη φορά τον Καποδίστρια[iv]. Ο Νέσελροντ είχε χάσει την αυτοκρατορική εύνοια από καιρό, οπότε ουσιαστικός διαχειριστής των εξωτερικών υποθέσεων ήταν ο Καποδίστριας, ο οποίος συμβούλευε τον Τσάρο για όλα τα θέματα. Ως γραμματέας πλέον επί των εξωτερικών, ο Καποδίστριας συμμετείχε στο συνέδριο του Άαχεν και στη διάσκεψη του Κάρλσμπαντ. Μετά το τέλος των διπλωματικών του υποχρεώσεων ζήτησε και έλαβε άδεια για να ταξιδέψει στην πατρίδα του, την Κέρκυρα. Μετά απο παραμονή δύο μηνών αναχώρησε για την Ιταλία και στη συνέχεια για το Λονδίνο, όπου έτυχε ψυχρής υποδοχής. Στις συζητήσεις του με τους Άγγλους αξιωματούχους σχετικά με το ζήτημα των Ιονίων νήσων δε βρήκε ανταπόκριση με αποτέλεσμα να αποχωρήσει άπρακτος για την Αγία Πετρούπολη.
Το 1820 και 1821 συμμετείχε στα συνέδριο του Τροππάου και του Λάιμπαχ. Στα δύο αυτά συνέδρια ο Τσάρος Αλέξανδρος επηρεασμένος από το Μέττερνιχ ακολούθησε την πολιτική της Αυστρίας παραμερίζοντας σε μεγάλο βαθμό τον Καποδίστρια. Στο συνέδριο του Λάιμπαχ ήρθε η είδηση για την εξέγερση του Αλέξανδρου Υψηλάντη και την επανάσταση στη Μολδοβλαχία[v]. Ο Υψηλάντης μάλιστα απέστειλε επιστολή στον Τσάρο ζητώντας του τη βοήθειά του. Η απάντηση του Τσάρου ήταν η επίσημη καταδίκη της Επανάστασης, η απόταξη του Αλ.Υψηλάντη[15] και η άδεια εισόδου του Τουρκικού στρατού στις Ηγεμονίες[16], μέτρα που στον Υψηλάντη ειδικά ανακοινώθηκαν με επιστολή γραμμένη και υπογεγραμμένη από τον Καποδίστρια[17]. Παρ' όλα αυτά, ο Καποδίστριας μυστικά πίεζε τον Τσάρο να ταχθεί υπέρ των Ελλήνων. Στο δε συνέδριο έδωσε πραγματική μάχη για να μην αποσταλεί βοήθεια προς την Οθωμανική Αυτοκρατορία και οι ξένες δυνάμεις να κρατήσουν αυστηρή ουδετερότητα. Σε αυτό το πλαίσιο κινήσεων εξηγείται και το τελεσίγραφο που επέδωσε ο Ρώσος πρεσβευτής στην Κωνσταντινούπολη στο Σουλτάνο ύστερα από τον απαγχονισμό του Πατριάρχη Γρηγορίου Ε΄ και τις σφαγές των Ελλήνων[7]. Η διαφωνία μεταξύ Τσάρου και Καποδίστρια δεν άργησε να εκδηλωθεί. Ο δεύτερος υποστήριζε την ανάληψη μονομερούς ενέργειας κατά της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, ενώ ο πρώτος ενδιαφερόταν μόνο για τη στάση του Λονδίνου. Από τα τέλη του 1821 ο Καποδίστριας είχε χάσει την αυτοκρατορική εύνοια και στις αρχές του 1822 ο Τσάρος αποφάσισε να αφαιρέσει τη διαχείριση του ανατολικού ζητήματος από τον Καποδίστρια. Το Φεβρουάριο του 1822 ο Τσάρος απέστειλε εν αγνοία του Καποδίστρια στη Βιέννη τον Τατίτσεφ με εντολές να εξουσιοδοτήσει τον Μέττερνιχ να διαπραγματευθεί για λογαριασμό της Ρωσίας με την Υψηλή Πύλη[18]. Λίγες μέρες πριν ο Αυστριακός πρεσβευτής είχε παραπονεθεί στον Τσάρο ότι ο Καποδίστριας επίτηδες συκοφαντούσε τον Αυτοκράτορα της Αυστρίας στον Τσάρο προκειμένου να επιτύχει τους σκοπούς του σχετικά με το ανατολικό ζήτημα.
Ο παραγκωνισμός του στην αυλή από τον Νέσελροντ και η συνεχής διαφωνία του με τον Τσάρο τον ανάγκασαν να ζητήσει ιδιαίτερη ακρόαση από τον τελευταίο. Σε αυτή του ανακοίνωσε τη διαφωνία του σχετικά με τη νέα εξωτερική πολιτική. Απότοκος της συζήτησης αυτής ήταν η παραχώρηση άδειας για λόγους υγείας στον Καποδίστρια[18]. Ο Τσάρος απέφυγε να τον απομακρύνει από την θέση του υπουργού εξωτερικών για να μη γίνει γνωστή η διαφωνία τους. Στις 19 Αυγούστου 1822 αναχώρησε από την Αγία Πετρούπολη και λίγους μήνες αργότερα εγκαταστάθηκε στην Γενεύη, όπου έχαιρε ιδιαίτερης εκτίμησης. Εκεί συναναστρεφόταν με τον γνωστό τραπεζίτη Εϋνάρδο και προσπάθησε να βοηθήσει την επαναστατημένη Ελλάδα ενισχύοντας τον φιλελληνισμό. Παράλληλα, πραγματοποιούσε επαφές με διακεκριμένες προσωπικότητες, όπως τον Στράτφορντ Κάνινγκ (Stratford Canning), ξάδερφο του πρωθυπουργού της Μεγάλης Βρετανίας Γεώργιου Κάνινγκ και πρεσβευτή αυτής στην Κωνσταντινούπολη κ.α.
Κυβερνήτης της Ελλάδας
Την ιδέα να κληθεί ο Καποδίστριας ως κυβερνήτης της Ελλάδος την είχε διατυπώσει πρώτος ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος στην από 27-10-1821 επιστολή του προς τον Δημήτριο Υψηλάντη[24]. Ο Υψηλάντης επίσης υπέγραψε πρόσκληση του Καποδίστρια το 1822 και ο Πετρόμπεης το 1824[25]. Τελικά, στις 30 Μαρτίου 1827, στην Γ΄ εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας, εκλέχθηκε ο Καποδίστριας κυβερνήτης της Ελλάδας με θητεία επτά ετών. Σύμφωνα με τις αποφάσεις της συνέλευσης, ο κυβερνήτης θα δεσμευόταν από το σύνταγμα της Επιδαύρου, έτσι όπως θα αναθεωρείτο από τη συνέλευση. Σημαντικό[26] ρόλο στην κλήση του Καποδίστρια στην Ελλάδα διαδραμάτισε και ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης, αρχηγός του Αγγλικού κόμματος τότε, αν και αρχικά ήταν κατά της εκλογής του[27]. Άλλαξε όμως γνώμη στη συνέχεια και ήταν αυτός που υφήρπασε την έγκριση του Άγγλου μοιράρχου Χάμιλτον[28]. που είχε και τη σύμφωνη γνώμη του Στράτφορντ Κάνινγκ[29]. Παρά ταύτα η εκλογή του θεωρήθηκε ως ήττα της Αγγλικής εξωτερικής πολιτικής και νίκη της Ρωσίας[30]. Και είναι γεγονός ότι μεταξύ Καποδίστρια και Αγγλίας υπήρχε αμοιβαία δυσπιστία. Πριν δεχθεί την πρόταση που του έγινε, επισκέφθηκε την Πετρούπολη προκειμένου να αποδεσμευθεί επισήμως από την υπηρεσία του Τσάρου. Στη συνέχεια κατευθύνθηκε προς το Λονδίνο, όπου έφτασε σε ατυχή συγκυρία, δεδομένου ότι την επομένη της άφιξής του κηδευόταν ο Τζωρτζ Κάνινγκ. Η υποδοχή που του έγινε εκεί ήταν ψυχρή[vii]. Ύστερα από σύντομη παραμονή στο Παρίσι, όπου έγινε θερμά δεκτός, αναχώρησε για την Ελλάδα. Στις 18 Ιανουαρίου 1828 έφτασε στο Ναύπλιο επί του αγγλικού πολεμικού Warspite[31], όπου έτυχε ενθουσιώδους υποδοχής και τέσσερις μέρες αργότερα στην Αίγινα, πρωτεύουσα του ελληνικού κράτους[32]. Λίγο αργότερα αποφασίστηκε το Ναύπλιο να ξαναγίνει πρωτεύουσα του ελληνικού κράτους.
Εσωτερική πολιτική
Στο εσωτερικό της χώρας ο Καποδίστριας είχε να αντιμετωπίσει την πειρατεία, τους ανύπαρκτους θεσμούς, τη διάλυση του στρατού, καθώς και την κακή οικονομική κατάσταση της χώρας. Μια από τις βασικές προϋποθέσεις που έθεσε για να αναλάβει την ηγεσία του νεοσύστατου ελληνικού κράτους ήταν η αναστολή του συντάγματος και η διάλυση της βουλής, όροι που τελικώς έγιναν αποδεκτοί. Στη θέση της βουλής δημιούργησε το «Πανελλήνιον», ένα γνωμοδοτικό όργανο αποτελούμενο από 27 μέλη με καθαρά διακοσμητικό χαρακτήρα, ενώ τη διακυβέρνηση ανέλαβε η κεντρική γραμματεία, ένα είδος υπουργικού συμβουλίου, διοικούμενο από τον ίδιο. Επίσης, χώρισε τη χώρα σε διοικητικές περιφέρειες. Να σημειωθεί ότι αρχικά είχε δεσμευθεί για τη διενέργεια εκλογών τον Απρίλιο του 1828, στη συνέχεια όμως προχώρησε στην αναβολή αυτών λόγω της χαώδους κατάστασης που επικρατούσε στο εσωτερικό. Όταν αυτές διεξήχθησαν, διατυπώθηκαν βάσιμες κατηγορίες για νοθεία. Αν και κυβερνήτης, ο Καποδίστριας εξελέγη σε 36 περιφέρειες, γεγονός που προκάλεσε την οργή των συνεργατών του, ένας εκ των οποίων, ο Σπυρίδων Τρικούπης, παραιτήθηκε για τον λόγο αυτό από πληρεξούσιος και αναχώρησε για την Ύδρα[33]. Ιδιαίτερη μέριμνα επέδειξε και για τη δημιουργία δικαστηρίων θεσπίζοντας και κώδικα πολιτικής δικονομίας.
Μία απο τις πρώτες του κινήσεις ήταν η καταστολή της πειρατείας, έργο το οποίο ανέλαβε με επιτυχία ο Ανδρέας Μιαούλης[34]. Παράλληλα, προχώρησε στην αναδιοργάνωση των ενόπλων δυνάμεων, μετατρέποντας βαθμιαία τα άτακτα στρατεύματα σε τακτικό στρατό[35], και υπάγοντας τον στόλο στην ουσιαστική δικαιοδοσία της κυβέρνησης, δεδομένου ότι μέχρι τότε τα πλοία ήταν ιδιοκτησία των καραβοκυραίων. Με αυτόν τον τρόπο προσπάθησε να προστατέψει τα σύνορα και να μειώσει την επιρροή των μέχρι τότε τοπαρχών («μίαν ευχήν διαβιβάζουσί μοι αι επαρχίαι, την διά παντός απαλλαγήν αυτών από της τυραννίας των προυχόντων και των οπλαρχηγών»)[36]. Στην προσπάθεια αναδιοργάνωσης του στρατού περιλαμβάνεται και η ίδρυση της Στρατιωτικής Σχολής Ευελπίδων. Ίδρυσε Εθνικό Νομισματοκοπείο και καθιέρωσε τον φοίνικα ως εθνικό νόμισμα, αντικαθιστώντας το Τουρκικό γρόσι. Όσον αφορά στην εκπαίδευση κατασκεύασε νέα σχολεία, εισήγαγε τη μέθοδο του αλληλοδιδακτικού σχολείου, ίδρυσε εκκλησιαστική σχολή στον Πόρο, καθώς και το Ορφανοτροφείο Αίγινας σε μια προσπάθεια να οργανώσει το σχεδόν ανύπαρκτο εκπαιδευτικό σύστημα. Δεν ίδρυσε όμως πανεπιστήμιο, καθώς θεωρούσε ότι έπρεπε να υπάρξουν πρώτα απόφοιτοι μέσης εκπαίδευσης. Στο πρόβλημα της διανομής της εθνικής γης ο Καποδίστριας δεν κατάφερε να βρει λύση κι έτσι εκατομμύρια στρέμματα παρέμειναν στους μεγαλοϊδιοκτήτες (κοτζαμπάσηδες και Εκκλησία). Μερίμνησε επίσης για την ανοικοδόμηση του Μεσολογγίου και των Πατρών, όπου έστειλε τον Κερκυραίο αρχιτέκτονα Σταμάτη Βούλγαρη. Σημαντική ήταν και η συμβολή του στο εμπόριο με την παραχώρηση δανείων στους νησιώτες για την αγορά πλοίων και την κατασκευή ναυπηγείων στον Πόρο και το Ναύπλιο. Τον Οκτώβριο του 1829 ίδρυσε το πρώτο αρχαιολογικό μουσείο στην Αίγινα.
Όσον αφορά στην ελληνική οικονομία, ο Καποδίστριας επέδειξε ιδιαίτερο ενδιαφέρον για τη γεωργία, βασική πηγή πλούτου της Ελλάδας. Ίδρυσε τη Γεωργική Σχολή της Τίρυνθας και έγινε η πρώτη απόπειρα για την καλλιέργεια πατάτας. Στον Καποδίστρια αποδίδεται ένας τρόπος για την εισαγωγή της καλλιέργεια της πατάτας, ο οποίος αποδίδεται επίσης και στον Φρειδερίκο το Μεγάλο της Πρωσσίας το 1774[37], κάτι που παραμένει περίφημο ανέκδοτο σήμερα: Παραγγέλλοντας ένα φορτίο πατάτες, πρώτα διέταξε ότι πρέπει να προσφερθούν σε όποιον θα ενδιαφερόταν. Όμως οι πατάτες αντιμετωπίστηκαν με αδιαφορία από τον πληθυσμό και ολόκληρο το σχέδιο φάνηκε να αποτυχαίνει. Όμως ο Καποδίστριας, έχοντας γνώση των ελληνικών συνηθειών, διέταξε ολόκληρη η αποστολή των πατατών να ξεφορτώνεται σε δημόσια επίδειξη στις αποβάθρες του Ναυπλίου, αλλά να φυλάσσονται από φαινομενικά αυστηρές φρουρές. Σύντομα, κυκλοφόρησαν φήμες για τις πατάτες, ότι, αφού τόσο καλά φρουρούνταν, έπρεπε να είναι μεγάλης σπουδαιότητας. Και αφού ήταν έτσι, κάποιοι δοκίμαζαν να τις κλέψουν. Οι φρουρές είχαν διαταχθεί εκ των προτέρων να κάνουν με τρόπο τα στραβά μάτια και να επιτρέπουν ουσιαστικά την κλοπή. Έτσι, αναφέρει η ιστορία - αστικός μύθος - σύντομα όλες οι πατάτες του φορτίου είχαν κλαπεί και το σχέδιο του Καποδίστρια να τις εισαγάγει στην Ελλάδα είχε πετύχει. Προσπαθώντας να ενισχύσει την ελληνική οικονομία ίδρυσε την «Εθνική Χρηματιστική Τράπεζα», η οποία όμως απέτυχε, καθώς το δημόσιο εκμεταλλευόταν χωρίς όρους τα χρήματα των καταθέσεων[33].
Αν και δημιούργησε ελληνικό και γαλλικό τυπογραφείο στην Αίγινα, πραγματοποίησε διώξεις εναντίον του Τύπου. Χαρακτηριστικά παραδείγματα είναι οι περιπτώσεις των εφημερίδων Ανεξάρτητος, Ηώς και Απόλλων, που είτε έκλεισαν λόγω αντικυβερνητικών θέσεων είτε οι εκδότες του διώχθηκαν. Σφοδρή κριτική υπήρξε και για την τοποθέτηση των δύο αδερφών του, Βιάρου και Αυγουστίνου στις δύο κορυφαίες θέσεις, αυτές του αρχιναυάρχου και αρχιστράτηγου αντίστοιχα. Κατά γενική ομολογία και οι δύο θεωρούντο ακατάλληλοι για τις θέσεις αυτές, ενώ κάποιοι ιστορικοί φτάνουν στο σημείο να θεωρούν ότι έπαιξαν καθοριστικό ρόλο στην πτώση του κυβερνήτη.
Εξωτερική πολιτική
Ερχόμενος στην Ελλάδα, ο Καποδίστριας δεν ήταν καθόλου ευχαριστημένος με το πρωτόκολλο της 18ης Νοεμβρίου 1828 που έθεταν το Μοριά και τις Κυκλάδες υπό την προσωρινή εγγύηση των συμμάχων. Με τον φόβο ότι οι Άγγλοι θα περιόριζαν την Ελλάδα σε αυτά τα σύνορα, οργάνωσε τακτικό στρατό συνεχίζοντας τον πόλεμο με την Οθωμανική Αυτοκρατορία. Όσον αφορά στην επιλογή του ηγεμόνα, ο Καποδίστριας πρότεινε τον Λεοπόλδο του Saxe-Coburg, ο οποίος όμως παραιτήθηκε από τη διεκδίκηση του θρόνου λόγω διαφωνιών για τα σύνορα. Αρκετοί ιστορικοί θεωρούν ότι ο Καποδίστριας επίτηδες απομάκρυνε τον Λεοπόλδο από τον θρόνο[38], ενώ άλλοι υποστηρίζουν είτε ότι δεν αντιτάχθηκε[39][40] στον ερχομό του. Γεγονός όμως είναι ότι όσοι ζητούσαν να έλθει ο Λεοπόλδος αντιμετώπισαν έντονη κυβερνητική δυσμένεια[41].
Ο Καποδίστριας θεωρούνταν άνθρωπος της Ρωσίας. Ο Ρωσοτουρκικός πόλεμος του 1828 που ξέσπασε ενέτεινε την δυσπιστία μεταξύ των δύο πλευρών δεδομένου μάλιστα ότι ο Τζώρτζ Κάνινγκ, που κινούσε ως τότε τα νήματα επ’ ωφελεία της Ελλάδος, είχε πεθάνει το 1827, ακριβώς την εποχή που ο Καποδίστριας έφτανε στο Λονδίνο. Η ψυχρότητα με την οποία οι Άγγλοι πολιτικοί (ο Γεώργιος Δ΄πρωτίστως) αντιμετώπισαν τον Καποδίστρια, οφειλόταν στον φόβο τους ότι οι ρωσικές επιτυχίες επί της Τουρκίας θα είχαν σαν συνέπεια την στερεότερη πρόσδεση στο άρμα της Ρωσίας του ήδη, κατ'αυτούς, ρωσόφιλου Καποδίστρια. Κι εκτός απ’ αυτό, οι Γάλλοι του Μαιζόν κατείχαν την Πελοπόννησο και σκέφτονταν να επεκταθούν και στην Στερεά. Ήταν επόμενο οι Άγγλοι να είναι αυτή τη στιγμή άκρως επιφυλακτικοί έναντι της Ελλάδος, βλέποντας να κινδυνεύει η θέση τους στην ανατολική Μεσόγειο. Αλλά βέβαια η αγγλική εξωτερική πολιτική χαρακτηρίζεται από την προσαρμοστικότητά της : «Άμα η Αγγλία επέτυχε την περιστολήν της γαλλικής κατοχής, δεν εδίστασε να συμπράξη εις την προς βορράν επέκτασιν των ορίων της Ελλάδος δια του από 10/22 μαρτίου 1829 πρωτοκόλλου. Άμα δε εξέλιπε, διά της ειρήνης της Αδριανουπόλεως, ο από της Ρωσίας κίνδυνο, η Αγγλία επανήλθεν έτι οριστικώτερον εις την αρχαίαν αυτής προς την Ελλάδα ευμένειαν»[42]. Έτσι τον Ιανουάριο του 1830 υπογράφηκε το πρωτόκολλο του Λονδίνου, με το οποίο η Ελλάδα γινόταν κράτος εντελώς ανεξάρτητο με ηγεμόνα τον Λεοπόλδο και σύνορα τους ποταμούς Αχελώο και Σπερχειό. Μετά την παραίτηση του Λεοπόλδου και την δολοφονία του Καποδίστρια, οι Δυνάμεις «ανεβίβασαν την Ελλάδα εις τάξιν βασιλείου», με βασιλιά τον Όθωνα και σύνορα την γραμμή Βόλου-Άρτας.
Κατά τη διάρκεια της διακυβέρνησής του, ο Καποδίστριας λόγω της ισχνής οικονομικής κατάστασης του κράτους επιχείρησε να συνάψει δάνειο με τράπεζες του εξωτερικού, προσπάθεια που δεν ευόδωσε λόγω των αντιδράσεων της Μεγάλης Βρετανίας. Παρόλα αυτά η Ρωσία και η Γαλλία ανέλαβαν να ενισχύσουν οικονομικά την Ελλάδα, ενώ ιδιαίτερη φροντίδα επέδειξε ο Τσάρος αποστέλλοντας 3.750.000 γαλλικά φράγκα.